Действительно, 10 июля 1944 г. на испытания в НИИ ВВС поступил доработанный Як-9У (зав. №25-019), который на самом деле был выпущен чуть раньше чем проходивший испытания в НИИ ВВС истребитель с зав. №25- 021. Однако эталоном для серии и этот самолет считать было нельзя, так как он отличался от последнего лишь измененными конструкцией выхлопных патрубков и положением заслонок радиаторов. В задачу испытаний теперь входило не только определение основных летных данных, но и оценка маневренности, устойчивости и управляемости.
Испытания показали, что в диапазоне эксплуатационных центровок, серийный Як-9У устойчив как с зафиксированным, так и со свободным управлением. Продольная управляемость аналогична самолету Як-9 с мотором М-105ПФ, а правильный вираж (без скольжения) на высоте 1000 м истребитель выполнял за 21,7 сек. По приемистости и вертикальной маневренности до высоты 7000 м Як-9У ненамного превосходил немецкий Bf109G-4. Так, советский истребитель с высоты 1000 м набирал за боевой разворот 1280 м, в то время как немецкий – 1150 м.
В то же время, ведущий летчик-испытатель капитан Л.М.Кувшинов, как, впрочем, и другие летчики облета, отмечали, что при пилотаже значительно возросли нагрузки от органов управления самолетом. На скоростях более 500 км/ч особенно велики стали нагрузки на ручке от элеронов..Признанный корифей советской авиационной науки профессор В.С.Пышнов написал заключение:
«Градиент усилия по перегрузке при центровке 23 САХ (средней аэродинамической хорды, – Прим. авт.) около 3,5 кг на единицу перегрузки. Желательно иметь величину 1,5- 2,0 кг, а это может быть получено при центровке 25 САХ. Однако, при такой центровке, самолет с брошенной ручкой становится неустойчивым. Таким образом, улучшение продольной управляемости нужно вести по линии компенсации, причем следует иметь ввиду, что компенсация может дать не только прямое снижение усилий, но и косвенное, улучшив устойчивость со свободным управлением.»
Многочисленные изменения, которые требовалось внести в конструкцию «сырых» самолета и мотора, значительно сказались на сроках серийного производства. Ситуацию осложнял тот факт, что многие доработки выполнялись, фактически, на уже построенных истребителях. Так, никак не удавалось . отрегулировать карбюраторы, чтобы моторы устойчиво работали и на номинальных и на крейсерских режимах. Или в одном, или в другом случае не работала почти половина цилиндров. Плохо работали пулеметы УБС: при отстреле одного боекомплекта происходило по 15-20 задержек. Чтобы устранить защемление ленты пришлось сократить боекомплект со 170 до 150 патронов.
| Месяц | План | Сборка | Готов | Отправлен |
| Февраль | 15 | |||
| Март | 35 | 5 | ||
| Апрель | 35 | 48 | 17 | 15 |
| Май | 100 | 105 | 81 | 60 |
| Июнь | 130 | 123 | 102 | 23 |
| Июль | 130 | 133 | 77 | 170 |
| Месяц | План | Сборка | Готов | Отправлен |
| Февраль | 5 | 1 | ||
| Март | 15 | 4 | ||
| Апрель | 15 | 7 | ||
| Май | 50 | 8 | ||
| Июнь | 78 | 23 | 12 | |
| Июль | 27 | 27 | 18 | 9 |
Из таблиц видно, что завод №166 смог передать значительное количество самолетов строевым частям ВВС только в июле 1944 г. Еще хуже положение сложилось на Московском заводе №82. Отчасти это объясняется тем, что если в Омске переход на улучшенные «девятки» осуществлялся с Як-9 М-105ПФ, то в Москве ранее выпускали Як-7Б. что вызвало необходимость внесения в технологические процессы гораздо большего объема крупных изменений, которые серьезно сдержали рост производства новых Яков.
В последний день февраля 1944 г. авиастроители завода N9 82 собрали первенца. По плану, устранить производственные недостатки предполагалось на пяти машинах нулевой серии. Однако и нулевую, и первую серию (из десяти истребителей) военная приемка долго отказывалась оформлять. Только в июне был составлен акт на 12 Як-9У. После этого, командир 856-го перегоночного иап подполковник Иванов получил указание принять боевые самолеты. По прибытии на завод 5 июля выяснилось, что перегонять в действующие части нечего. Ни одна машина не была готова к длительному полету! Аналогичную картину застало на заводе в начале августа и командование 431-го иап. Только три Як-9У могли считаться исправными, а остальные выделенные для полка истребители имели в среднем по три десятка серьезных дефектов каждый! Как отмечалось в приказе «за предоставление командованию недостоверной информации» (а фактически за то, что поддался давлению со стороны дирекции завода) – старший военпред завода №82 инженер-подполковник Расстригин был освобожден от занимаемой должности.
