Из христианской иерархии еретики взяли только два чина — архиерея и священника, или диакона. Обязанности и пределы епископской власти были те же, как и в христианской церкви. Епископ был и более почетным лицом и имел предпочтительное право в присутствии диаконов (соответствовавших христианским священникам, пресвитерам) на проповедь, consolamentum, appareillamentum, приготовление хлеба, раздачу благословений. Они посвящали в диаконы, только им принадлежала власть прощать так называемые смертные грехи. При каждом из них было два наперсника из диаконов, старший сын и младший сын, непременная обязанность которых состояла в посещении как «совершенных», так и верующих, принадлежащих дистрикту и ведомству епископа.
Диаконы делились на диаконов и иподиаконов. Они рассылались по тем местам, где не было епископов. По степени они стояли ниже наперсников епископских, старший из которых всегда сменял епископа после его смерти, а младший занимал место старшего, которого посвящали в епископы тем, что клали на его голову Новый Завет, а над книгой кто-либо простирал руки.
Впоследствии, с начала XII столетия, вошло в обычай, чтобы епископ сам указывал себе преемника, который еще при его жизни считался облеченным властью. При этом встречаемся с обычаем, подобный которому повторился в «кораблях» русской секты людей Божьих. Будущий епископ готовился с детства к своему званию, хотя и не отличался своим рождением, как бывало у молокан. С самого рождения его отнимали от груди матери, его редко поили молоком животных, предпочитая миндальное. Впоследствии ему ничего не давали, кроме рыбы и растительной пищи. Таким образом его сберегали вдали от мира и мирских наслаждений до совершеннолетнего возраста, когда его посвящали возложением рук.
Такой епископ отличался достоинствами епископского сана. Случалось иногда, что община посылала его в один из университетов, где он, знакомясь с силами и наукой враждебной Церкви, приобретал против нее оружие. Количество епископов-еретиков равнялось количеству католических епископов. В Лангедоке и Ломбардии получилось так, что всякий округ имел двух епископов. С течением времени диаконы исчезли и были заменены старшинами из числа «утешенных» (anciens во Франции, anciani в Италии); они имели ту же обязанность и стали последними, кто отстаивал альбигойскую церковь.
Самый темный вопрос в истории катаров — это вопрос о верховенстве папы. Некоторые католические источники, такие как Экберт и Стефан Бурбонский, ошибочно приписывают альбигойцам церковную организацию манихеев, с их папой, двенадцатью апостолами и семидесятью двумя учениками, что приносит мало чести наблюдательности этих авторов. Другие, с большим авторитетом, приписывают еще с XII столетия верховенство одному лицу, называя его то папой, то апостолом. Мы знаем, что такой папа заседал в соборе под Тулузой, он прибыл из Болгарии и принадлежал к дуалистам умеренного толка. Об этом в своем донесении писал в Рим легат Гонория III. Во всяком случае, это было авторитетное лицо в богомильской церкви, хотя и не имевшее юридических прав. Но то, что в самом Лангедоке не существовало старшего между еретическими епископами, доказывается отсутствием подобного рода известий в главных источниках для изучения ереси катаров. Ни Райнер, ни Монета, ни акты инквизиции не говорят ничего, что дало бы основание заключить о централизации альбигойской церкви. Ее епископы были соединены между собой узами братства и взаиморасположения, ее соборы собирались вполне самостоятельно, в альбигойстве было столько элементов, опиравшихся на одни рациональные теории, что необходимость в единой связывающей и правящей власти отсутствовала.
При обзоре предварительных элементов альбигойского дуализма мы встречали частые указания на особый характер ночных собраний, который, по словам некоторых источников, был близок многим прежним сектам, как, например, манихейству, присциллианству и другим. Невозможно принимать на веру свидетельства, всегда исходящие из уст крайне враждебных альбигойству из уст, не чуждых той клевете, жертвой которой были, между прочим, и христиане первых веков. То же самое повторилось и с альбигойцами. Их тайные оргии словно списаны с присциллиан, и если мы приводим здесь те слухи, которые вызывали они между современниками, то лишь с целью показать непрерывность дуалистических традиций, продолжающихся отчасти в некоторых беспоповских русских сектах, и вместе с тем древность альбигойского вероисповедания.