Эта лѣтописная запись можетъ указывать, что и прежде и послѣ упомянутыхъ годовъ такіе православные гости почти каждый разъ во время своего пребыванія въ Москвѣ водворялись въ монастырѣ у Михаилова Чуда. А такъ какъ пріѣзжіе гости очень нерѣдко бывали люди по православному очень ученые, а потому и очень надобные для Русскихъ церковныхъ дѣлъ, каковъ былъ, напримѣръ, Максимъ Грекъ, то по временамъ постоянное ихъ пребываніе у Михаилова Чуда давало монастырю особое учительное значеніе, которое оставалось за нимъ, какъ упомянуто, до послѣднихъ лѣтъ стараго допетровскаго порядка Русской жизни. Повидимому, такое общественное значеніе монастыря установилось со временъ самого его основателя, святителя Алексѣя, именно избраніемъ въ составъ братіи достойныхъ старцевъ. Впослѣдствіи, когда, наконецъ, возникла мысль объ учрежденіи ученой Греко-латинской школы, то нигдѣ въ другомъ мѣстѣ, а именно въ Чудовомъ же монастырѣ, и была основана такая школа еще при Филаретѣ и при патріархѣ Іосифѣ, существовавшая здѣсь до учрежденія Славяно-греко-латинской академіи. По свидѣтельству Олеарія учителемъ этой школы былъ Грекъ Арсеній. За то, что онъ охуждалъ наши церковныя книги за ихъ неправильность, онъ былъ сосланъ въ Соловки въ 1649 г., когда, по всему вѣроятію, на его мѣсто былъ вызванъ Епифаній Славинецкій, а затѣмъ при Никонѣ и Арсеній былъ возвращенъ и опредѣленъ справщикомъ печатнаго дѣла.
Объ этой самой школѣ голландецъ Кленкъ въ 1675 г. писалъ, что «Чудовъ монастырь скорѣе можно назвать дворянскимъ учебнымъ заведеніемъ, чѣмъ монастыремъ. Тамъ рѣдко увидишь кого другого, какъ только дѣтей бояръ и важныхъ вельможъ. Ихъ помѣщають туда, чтобы отдалить отъ дурнаго общества и научить благонравному поведенiю. По исполненіи 16 лѣтъ отъ роду они снова могутъ уйдти».
Быть можетъ, изстари то же учительное значеніе подавало поводъ сдѣлать монастырь пріютомъ для недостойныхъ вь томъ или другомъ отношеніи духовныхъ владыкъ, которые иногда бывали здѣсь заточаемы и здѣсь же оканчивали свои дни. Однако монастырь не былъ каменною крѣпостью, казематомъ и видимо, что его крѣпость заключалась именно въ строгомъ учительномъ житіи для всей братіи, а потому недостойные почему-либо владыки водворялись сюда для исправленія и раскаянія въ недостойныхь поступкахъ.
Такъ, въ 1391 г. въ Твери епископъ Евфиміи Висленъ очень поссорился съ Тверскимъ вел. княземъ и послѣ суда надъ нимь отставленъ съ епископства и водворенъ въ Москвѣ у Михаилова Чуда. Онъ скончался въ 1392 г. и положенъ за алтаремъ храма.
Въ 1397 г. погребенъ въ монастырѣ владыка Смоленскій Даніилъ. Въ 1401 г. пріѣхалъ въ Москву Ивань, владыка Новгородскій, бить челомъ вел. князю о Торжку. Митрополить Кипріан
Въ 1440 г. былъ посаженъ въ монастырѣ у Чуда отступникь Православія митрополитъ Исидоръ, просидѣвшій здѣсь отъ среды Крестопоклонной недѣли Великаго поста все лѣто. Потомъ, сентября 15, онъ тайно убѣжалъ въ Тверь и оттуда къ Риму. Онъсодержался подъ стражею для того, чтобы отступился отъ
Въ 1480 г. генваря 19 здѣсь же былъ заключенъ послѣдній независимый Новгородскій владыка Ѳеофилъ за крамолуизмѣну къ Литвѣ, прожившій въ монастырѣ шесть съ половиною лѣтъ, гдѣ скончался и погребенъ.
Въ 1504 г. здѣсь заключенъ и строитель монастырской церкви св. Алексѣя, Новгородскій архіепископъ Геннадій, прожившій послѣ того два съ половиною года. О его погребеніи упомянуто выше.
При воцареніи Шуйскаго въ 1606 г. сюда быль отосланъ подъ начало и поставленный Лжедмитріемъ патріархъ Игнатій. Онъ дожилъ здѣсь въ простыхъ чернецахъ до того времени, когда въ 1611 г. владѣющіе Москвою бояре и Поляки смѣстили съ патріаршества Ермогена, посадивши его въ Чудовъ же монастырь и на его мѣсто снова возвели того же Игнатія.
12 декабря 1666 г. въ Чудовомъ монастырѣ совершился судъ надъ патріархомъ Никономъ. Въ церкви Благовѣщенія Вселенскіе пахріархи Паисій Александрійскій и Макарій Антіохійскій сняли съ него патріаршій санъ, клобукъ и панагію, при чемъ было прочтено ему и пи
Бывали случаи, что нѣкоторые святители добровольно поселялись въ этомъ митрополичьемъ монастырѣ. Въ 1464 г. сент. 13 здѣсь нашелъ мирное прибѣжище митрополитъ Ѳеодосій Бывальцевъ, возбудившій въ толпѣ поповъ и дьяконовъ великую нелюбовь и проклятіе за свои строгія къ нимъ распоряженія, желая неволею привести ихъ къ правому пути Божію. Онъ началъ во всякую недѣлю (воскресенье) созывати ихъ и учити по святымъ правиламъ. Услыхавъ затѣмъ всеобщій ропотъ на себя, онъ разболѣлся и, оздоровѣвъ, поселился въ кельѣ Чудова монастыря, взявъ къ себѣ разслабленнаго старца, — служилъ ему, омывалъ его струпы. Былъ въ митрополитахъ съ небольшимъ три года (1461–1464).