Описание Земли в книге Гекатея носило систематический характер. Он последовательно перечислял все народы, обитавшие в той или иной стране, говорил о их городах и святилищах, о характере самой местности, ее почве, флоре и фауне. Он не просто фиксировал положение того или другого народа, но стремился выяснить его происхождение, узнать, откуда он пришел, касаясь в этой связи переселений различных племен, например пеласгов, гефиреев. В ряде случаев он подробно останавливался и на истории той или иной страны или народа. Особенно занимала его история стран Востока. Есть основание думать, что в своем сочинении Гекатей прослеживал возвышение, могущество и упадок отдельных восточных монархий в той последовательности, в которой они сменяли друг друга (Египет, Вавилон, Ассирия, Мидия и Персия), завершая все свое повествование рассказом о современных ему событиях, т. е. о начале греко-персидских войн. В значительной части «Землеописание» было, таким образом, как бы сводной историей стран, лежащих за пределами самой Греции. В этом отношении Гекатей предвосхищал тот тип универсального исторического труда, который позднее приобрел свою классическую форму под пером Геродота. К «Землеописанию» была приложена географическая карта — одна из первых в истории мировой науки (самая первая была создана Анаксимандром около 550 г. до н. э.).
Другой труд Гекатея, известный нам опять-таки только по ссылкам, назывался «Генеалогия» или «История» и состоял из четырех книг (события от Девкалионова потопа до Ионийской колонизации). Сочинение это начиналось словами: «Гекатей из Милета так говорит: Это я пишу, как оно мне кажется истинным, ибо рассказы эллинов многочисленны и смешны, как мне кажется». Здесь мы видим, таким образом, сознательную установку на критический пересмотр и даже отрицание всей предшествующей традиции. Историческая наука, еще не успев по-настоящему родиться, уже вступает в спор со своими противниками. Главным объектом нападок Гекатея в «Генеалогии» стали древние греческие предания и мифы (они служили для него и источниками фактического материала, без которых ему попросту не о чем было бы писать). Критика мифов ведется в этом сочинении с наивно рационалистических позиций. Главным орудием критики служит собственный здравый смысл историка. Он отвергает как вымысел все, что кажется ему неправдоподобным. Геракл не мог спускаться в Аид, чтобы изловить там Кербера. Никакого Кербера вообще не было в природе. Легковерные люди принимали за него большую ядовитую змею, которая обитала некогда в пещере на мысе Тенар (в древности здесь находился один из главных входов в подземное царство). Еще один пример. Согласно мифу, великан Герион, у которого Геракл угнал его чудесных быков, обитал на острове Эрифея, расположенном в Атлантическом океане где-то за Иберией. Гекатей уверен, что Геракл не мог совершить столь далекое путешествие, и поэтому передвигает Эрифею ближе к Греции в Адриатическое море. Сам факт угона быков им не оспаривается. Отвергая миф о прибытии в Арголиду сыновей Египта из страны, носившей то же название, Гекатей утверждает, что на берегах Арголиды существовал некий мыс, называвшийся Египтом, на котором в древности местные жители устраивали судилища. Как мы видим, в своей критике мифов Гекатей не заходит дальше того, что ему позволяла его набожность и его общественное положение. В большинстве случаев он удовлетворяется лишь весьма умеренной редакционной правкой предания, не покушаясь на бо́льшее. Решительный разрыв с мифологией был невозможен хотя бы потому, что и сам историк, как мы уже видели, тешил себя мыслью о божественном происхождении своего рода.
