Иногда мы встречаем у Геродота довольно здравые суждения о природе вещей, в которых, по-видимому, сказывается влияние на него ионийской натурфилософии. Вот несколько примеров. Когда на флот Ксеркса, вставший на якорь у мыса Сепиада, обрушилась страшная буря, персидские маги с помощью жертв и заклинаний усмирили ее, «а, может быть, — добавляет историк скептически, — она сама по себе улеглась». В другом месте персидский вельможа Артабан высказывает здравую мысль о природе сновидений, довольно близко смыкающуюся с мнением Демокрита на этот счет: во сне в виде призраков или образов перед нами является то, о чем мы думаем днем. Геродот не берется решать, была ли психическая болезнь Камбиза наказанием богов за кощунственное убийство священного быка Аписа, или же ее вызвала какая-нибудь другая причина. Он замечает, однако, что так как Камбиз с самого рождения страдал так называемой священной болезнью, т. е. эпилепсией, то вполне естественно, что и рассудок его не мог быть в полном порядке.
Однако рядом с этими проблесками рационализма мы обнаруживаем в сочинении Геродота детски наивную веру в чудеса, гадания, вещие сны. Чудо спасает храм Аполлона в Дельфах от захвата и осквернения его персами. Как только варвары приблизились к святилищу, на них обрушились молнии, с Парнаса со страшным грохотом низверглись две вершины, раздавив множество персидских воинов, из святилища доносились тем временем загадочные голоса и боевой клич. Напуганные всеми этими грозными знамениями персы обратились в бегство. Многие из них потом рассказывали, что бегущих преследовали два воителя, ростом намного превосходившие простых смертных. Впоследствии оказалось, что это были два местных дельфийских героя: Филак и Автоной. На самом деле никаких чудес и никакого побоища в Дельфах, конечно, не было. Персы просто обошли этот город стороной, зная о лояльности дельфийского жречества, занимавшего в те годы определенно персофильскую позицию. Геродот, ничтоже сумняшеся, принял на веру всю эту чудесную историю, явно сочиненную жрецами Аполлона для того, чтобы обелить себя в глазах греческого общественного мнения. Точно так же, по словам историка, и богиня Деметра не пустила варваров в свое святилище в Элевсине.
Очень много места занимают в «Истории» рассказы о всевозможных оракулах, предзнаменованиях, вещих сновидениях. Зловещие знамения преследуют Ксеркса на всем пути из Азии в Европу, но он не хочет им верить, потому что боги уже обрекли его на бесславное поражение (см., например, VII, 57). Чтобы увеличить число знамений, предвещавших беду персидскому владыке, Геродот даже передвинул назад солнечное затмение, которое в действительности произошло уже после похода в 478 г., и из частичного сделал его полным.
Нередко историк напускает на себя таинственный вид и говорит, что не хотел бы подробно рассказывать о том или ином священном обряде или даже просто назвать имя того или иного божества, так как боится навлечь на себя его гнев. Так, во II книге (гл. 170): «В том же саисском святилище Афины есть и гробница того, чье имя я не считаю позволительным здесь разглашать» (имеется в виду, вероятно, Озирис).
Религиозные взгляды Геродота не отличались особой последовательностью, по-видимому, так же, как и взгляды большинства его современников. Он, например, явно неспособен был разобраться в сложном теологическом вопросе, кто главнее: божество или рок? «Что по определению божества должно случиться, того человек не в силах предотвратить», — говорит у него один старый перс в предвидении гибели Мардония и его войска. В другом месте историк говорит о великой мудрости «божественного промысла» (του θεοϋ ή πρόνοια): «Божественный промысел, как это и естественно, в своей премудрости сотворил всех робких и годных в пищу животных весьма плодовитыми, чтобы у нас не было недостатка в пище, хищных же и вредоносных — малоплодовитыми». Этому противоречит, однако, другая мысль, проскальзывающая в некоторых местах «Истории», о том, что и сами боги являются лишь слепыми орудиями в руках всемогущего Рока. Так, Пифия, отвечая мидийским послам, присланным Крезом, говорит: «Предопределенного Роком не может избежать даже бог».