После выборов Джана сангх предпринял шаги по укреплению организации. Была создана трехступенчатая система управления – генеральный секретарь (Упадхайя), три зональных секретаря (северная зона – Балрадж Мадхок; восточная зона – Нана Дешмукх и западная зона – Сундер Сингх Бхандари) и секретари Джана сангха в отдельных штатах. Общий контроль над организацией осуществлял Упадхайя. Все его помощники были выходцами из РСС. Секретарем Джана сангха был назначен Ваджпаи, который отвечал за парламентскую деятельность партии. Все главные политические решения формулировались группой из трех человек – Упадхайя, Ваджпаи и Мадхоком. Вышедшие по разным причинам из Джана сангха диссиденты утверждали, что свои решения Упадхайя сверял с лидером РСС Голвалкаром.
Появление новой консервативной партии Сватантра вызвало неоднозначную реакцию в руководстве Джана сангха, которое обеспокоилось тем, что Сватантра может отнять у их партии часть голосов избирателей на парламентских выборах 1962 г. Результаты этих выборов в какой-то степени подтвердили это опасение.
Последующий период вплоть до парламентских выборов 1967 г. был отмечен активизацией деятельности Джана сангха как во внутренней жизни, так и внешней политике. Росло и число его членов (с 75 тыс. в 1957 г. и 275 тыс. в 1961 г. до 1300 тыс. человек в 1967 г.). Индийско-китайский вооруженный конфликт в 1962 г. и индийско-пакистанский вооруженный конфликт в 1965 г. были в полной мере использованы Джана сангхом для демонстрации своего патриотизма и укрепления политических позиций. Именно в это время он потребовал от индийского правительства пойти на сближение с Западом и странами Юго-Восточной Азии, чтобы «отразить угрозу Китая». Джана сангх также выступил против переговоров с Пакистаном по Кашмиру и осудил подписание Ташкентской декларации (10 января 1966 г.) между Индией и Пакистаном.
До середины 1960-х годов Конгресс, по существу, пользовался монопольным влиянием в Индии. Но в стране, в том числе на уровне штатов, уже тогда начались процессы, которые бросали вызов его однопартийной власти. К этому времени конгрессистские правительства немало сделали для укрепления независимой государственности, осуществили ряд крупных социально-экономических преобразований, в том числе индустриализацию на основе смешанной экономики, в которой ключевая роль принадлежала государственному сектору. Были предприняты усилия по реформированию аграрного сектора экономики, в результате чего несколько улучшилось положение малоземельных крестьян и сельскохозяйственных рабочих. Проводились и другие мероприятия под лозунгом построения общества социалистического типа. Все это способствовало сохранению влияния Конгресса в широких слоях населения.
Однако со временем проведение в жизнь декларированной программы социально-экономических преобразований стало тормозиться из-за серьезного сопротивления консервативных сил, главным образом внутри самого Конгресса. Стали углубляться противоречия между отдельными социальными группами и слоями общества. Они неодинаково проявлялись в разных регионах из-за особенностей их исторического прошлого и неравномерности их социально-экономического, политического и культурного развития. Начало проявляться разочарование результатами деятельности правительства Конгресса, невыполнением его предвыборных обещаний.
Одним из важных факторов сохранения единства Конгресса на первом этапе его деятельности после достижения независимости было лидерство в нем Джавахарлала Неру. Однако в самой партии существовали силы, которые не разделяли его взглядов относительно путей развития страны. Под их давлением Неру несколько раз заявлял о возможности его ухода в отставку с занимаемых постов президента партии и премьер-министра. В 1954 г. он освободил пост президента Конгресса, который занимал четыре года (1951–1954) в пользу своего сторонника У.Н. Дхебара. В 1958 г. Неру объявил о своей возможной отставке с поста премьер-министра. Тем не менее расстановка сил в руководстве партии по-прежнему была в его пользу, и он остался на посту руководителя правительства.
Вскоре ситуация в Конгрессе стала осложняться, в том числе из-за внешнеполитического кризиса. В октябре 1962 г. начался китайско-индийский вооруженный конфликт, в ходе которого индийская армия потерпела поражение. Авторитету Неру, который до этого выступал за активное развитие индийско-китайских связей под лозунгом «хинди–чина бхай-бхай» (индийцы и китайцы – братья), был нанесен значительный урон. Правые деятели в Конгрессе повели на него атаку. Неру был вынужден отправить в отставку своего твердого последователя и соратника, министра обороны В.К. Кришна Менона. Однако довольно быстро Неру удалось изменить ситуацию в руководстве партии и правительства в свою пользу.