В 1804 г. началась война против Холкара. Первоначально Холкару удалось разбить английское войско в узком горном проходе Мукунд-Дара и даже совместно с раджей Бхаратпура осадить Дели. Но взять укрепленный город он не смог и отступил. Тогда английская армия перешла в наступление, крепости Холкара пали одна за другой, раджа Бхаратпура заключил мир с англичанами, и Холкар бежал в Пенджаб.
Однако война с маратхами требовала больших средств, и акционеры Компании стали опасаться за свои дивиденды. Новый исполняющий обязанности генерал-губернатора Индии Дж. Барлоу (1805–1807 гг.) отдал Синдхии обратно Гвалиур, а Холкару — его владения к югу от реки Чамбал, надеясь, что они будут ослаблены враждой со своими вассалами — теми раджпутскими князьями, которые в прошлой войне помогали англичанам. Действительно, во владениях маратхов происходила междоусобная борьба. Синдхия и Холкар имели большие армии, но в казне их территориально урезанных княжеств не было достаточно средств для содержания этих войск. Поэтому воины-наемники жили почти исключительно за счет грабежа населения. Они совершали набеги на деревни и даже города, пытали, убивали людей, уничтожали все, что не могли взять с собой.
Разоренным крестьянам часто не оставалось ничего другого, как примкнуть к этим грабителям, которых именовали пиндари. Во главе пиндари стояли Амир-хан Рохилла, ранее военачальник Холкара, отличившийся в борьбе с англичанами в 1804 г., Карим-хан, также связанный с Холкаром, Читу, бывший военачальник Синдхии, и Васил Мухаммад, состоявший на службе у правителя Бхопала. Армии пиндари все увеличивались. В конце концов в опустошенных областях маратхских и раджпутских княжеств стал ощущаться недостаток продовольствия и фуража.
Английские колонизаторы не вмешивались в действия пиндари. Однако, когда в 1816 г. те напали на Северные сиркары, бывшие непосредственными владениями Компании, и налоговые поступления с этих областей сразу резко упали, английские власти решили покончить с пиндари. Предварительно англичане заставили в 1817 г. пешву подписать еще один договор в Пуне. Он отказался от главенства над маратхскими князьями, отдал англичанам провинцию Конкан и обязался все сношения с другими княжествами вести только через английского резидента. Нагпур также заключил субсидиарный договор с англичанами. Синдхия вынужден был подписать соглашение, обязывавшее его предоставить свои войска англичанам для борьбы с пиндари. Кроме того, он отказался на три года от сбора дани с раджпутских княжеств и отдал англичанам в залог крепости Асиргарх и Хиндия. Тем самым англичане подчинили себе всех маратхских князей и стали готовиться к выступлению против пиндари.
Однако, как только значительная часть английских войск ушла из Махараштры, маратхи Пуны восстали. К ним присоединился и Нагпур. Тогда англичане бросили против маратхов самую большую армию из тех, что действовали в Индии в период завоевания. В ней было 120 тыс. человек (в там числе 13 тыс. англичан) и 300 пушек. В битвах при Кхадки, Ситабалди, Нагпуре, Салпи Гхате, Аште и Сеони — всюду маратхи терпели поражение. В конце 1818 г. пешва сдался, и генерал-губернатор Индии лорд Мойра, получивший за победы над маратхами тогда учрежденный титул «Маркиз Хейстингс», решил уничтожить звание пешвы и покончить с этим символом единства маратхов. Территория всей Махараштры была присоединена ж Бомбейскому президентству, за исключением небольшого владения вокруг Сатары и Колхапура, которые передавались потомкам Шиваджи, не имевшим никакого политического влияния. Один из руководителей пиндари, Амир-хан, сразу согласился на роспуск своей армии, за что англичане «подарили» ему небольшое княжество Тонк, но остальные вожди пиндари пытались сопротивляться.
Несмотря на жестокую эпидемию холеры, вспыхнувшую в английской армии и унесшую 9 тыс. жизней, англичане продолжали преследование пиндари. Военачальники Холкара (сошедшего с ума) пытались оказать пиндари поддержку, но войска Холкара тоже потерпели поражение в крупном сражении под Махидпуром. После этого пиндари распались на мелкие отряды и постепенно были разбиты. Карим-хан сдался, и ему был пожалован джагир неподалеку от Горакхпура. Васил Мухаммад покончил с собой с английской тюрьме, а Читу погиб в джунглях.
Подчинением маратхов закончился основной этап завоевания Индии. Последняя военная кампания англичан — завоевание Пенджаба — произошла только через 30 лет.
С завоеванием Индии англичанами изменилось не только политическое, но и экономическое положение страны. В отличие от прежних завоевателей, которые оседали здесь и ассимилировались с местным населением, Англия, вставшая на путь капиталистического развития, рассматривала Индию как арену для извлечения богатств, вывозившихся затем в метрополию. Как ни менялись методы британской эксплуатации Индии, эта страна всегда оставалась для колониальных властей придатком метрополии.
