Выборы епископов постоянно приводили к столкновениям между королями и церковью. Так, Бонифаций VIII (1294–1303) часто вмешивался в выборы, проводимые капитулами, а Альфонс X со своей стороны заявил, что неотъемлемым правом короны является утверждение кандидатов, избранных капитулами, и что право это основывается на трех посылках: во-первых, короли Испании отвоевали страну у мавров, распространили там христианство и превратили мечети в церкви, во-вторых, они основали новые церкви, и, в-третьих, они жертвовали на постройку церквей и непрерывно жаловали церквам новые и новые бенефиции. Фактически в XIII в. было признано, что епископов выбирает капитул с разрешения и одобрения короля, а затем их утверждает соответствующий архиепископ. Кандидатура последнего утверждалась папой, но короли продолжали вмешиваться в дела выборов архиепископов, чему примером являются два случая, имевшие место в Толедо в 1308 и 1335 гг., при Фернандо IV и Альфонсе XI. Теоретически один из законов «Партид» признает неотъемлемым правом папы возводить в сан и низлагать епископов при условии, что подобные акты «принесут пользу стране или будут совершены по просьбе короля». И действительно, в конце XII в. в Испании практикуются прямые назначения епископов папой. В XIV в. уже становится общим правилом утверждение епископов папой (а не архиепископом) и имеют место прямые назначения епископов, хотя случаи эти отмечаются в Кастилии реже, чем в Арагоне. В XIV в. в Кастилии было три архиепископства и 24 епископства.
Короли пользовались правом смещать или изгонять епископов, если последние действовали вопреки интересам или намерениям монарха. Короли сохранили также право запрещать опубликование папских булл, если таковые могли нанести ущерб государству; так поступали Санчо IV, Фернандо IV, Альфонс XI и другие, особенно же часто к подобным мерам прибегал Хуан II. Они также сопротивлялись установлению церковной юрисдикции и стремились укрепить королевскую власть с тем, чтобы обеспечить успешное отправление судопроизводства по уголовным и гражданским делам. Для этого был создан институт «обращения к силе» (
Отменялась также привилегия, позволявшая епископам пренебрегать вызовами светских судей, даже в тех случаях, когда явка на суд предписывалась королем. Именно Альфонс X, благочестивейший из королей, щедрый на пожалования церквам и монастырям, охранял права государства, запрещая разбор дел, подведомственных светским судам, в церковных трибуналах. Он противился назначению клириков на должности алькальдов, писцов и нотариусов и запрещал разбор церковными судами гражданских дел, дабы устранить злоупотребления, которые вызывались применением практики отлучений. Альфонс X требовал, чтобы не оставались безнаказанными духовные лица, совершившие различные преступления, угрожая прямым вмешательством коронной юстиции в подобных случаях. Такой же практики придерживались и преемники Альфонса X. С другой стороны, однако, подтверждены были права церковной юрисдикции в сфере чисто церковных дел. Церковные трибуналы разбирали дела о взимании десятины, о пожертвованиях, попечительстве, погребениях, дарах и пожалованиях церкви, отлучениях, интердиктах, тяжбы о пределах компетенции тех или иных духовных судей, споры о демаркации рубежей церковных владений. Ведению церковных судов подлежали дела, связанные с исповеданием веры, церковными таинствами (крещения, браки, разводы), ростовщичеством, прелюбодеянием и с кражами кощунственного характера.
