Для укрепления пограничных владений Москвой строились линии крепостей, которые занимались служилыми казаками и стрельцами. По течению Волги были построены городки: Уржум, Царево-Кокшайск, Царево-Сангурск – форпосты защиты против черемисов; ниже по течению Волги построены были Саратов, Переволока, Царицын. Москва накладывала руку на окраины, в том числе и на казачьи войска. Политика Москвы встречала резкий отпор со стороны донских казаков, и отношения их с Москвой к концу царствования Федора Иоанновича установились совершенно враждебными. По приказанию московского правительства казаков, приезжавших в населенные пункты московских владений, хватали, сажали в тюрьмы, вешали и сажали в воду.
В конце 1597 года царь Федор Иоаннович впал в тяжелую болезнь и в начале января 1598 года умер. В конце царствования Федора Иоанновича в 1591 году 15 мая произошло одно из трагических событий, имевшее тяжелые последствия для Руси. В городе Угличе был зарезан царевич Димитрий, сын царя Ивана Грозного, происходивший от шестой жены, Марии из рода Нагих.
После смерти царя царица Мария с сыном были отправлены в Углич, где и жили вдали от Московского двора. Убийство царевича среди бела дня всколыхнуло все население города, ударили в набат, и собравшийся народ произвел расправу с Битяговским и его приближенными людьми, считая их убийцами, подосланными из Москвы. Битяговский – дьяк, являлся правителем Углича и был доверенным лицом Бориса Годунова, наблюдавший за сосланной царицей и ее окружением. Из Москвы была выслана комиссия для разбора дела, во главе с князем Василием Шуйским. Заключение комиссии установило «самоубийство» царевича в припадке «падучей болезни». Мать его, царица Мария, была отправлена в монастырь и пострижена в монахини. Многие угличане были наказаны. Наоборот, мамке царевича, обвиняемой толпой в участии убийства, и дочерям Битяговского Годунов дал большие имения.
Народная молва не поверила «самоубийству» царевича и убийцей считала Битяговского, а главным виновником – Годунова. Законность права престолонаследия царевича Димитрия, рожденного от шестой жены царя, с точки зрения церковного Устава, была сомнительной, но в слагавшихся условиях прекращения прямой линии династии царевич Димитрий, как законный сын царя, бесспорно являлся одним из прямых претендентов на московский престол и стоял на пути честолюбивых замыслов Годунова. После убийства царевича Димитрия и смерти царя Федора Иоанновича прекращалась прямая царствующая линия династии Рюриковичей.
Царь Федор не оставил прямого наследника на престол. После его смерти русский народ присягнул его жене, царице Ирине, сестре Бориса Годунова. Царствовавшая 736 лет династия прекращалась. Но в скором времени народу стало известно, что царица Ирина отрекается от престола и уходит в монастырь. Борис Годунов тоже ушел в монастырь и все время плакал о наступающем «безначалии». Решено было присягнуть боярам, и среди собравшихся кто-то крикнул: «Да здравствует Борис!», брат царицы. Борис, однако, категорически отказывался от царского венца. Для решения вопроса о престолонаследии был созван Земский собор. Во время работы Земского собора были пущены слухи об угрозе нападения крымского хана.
И действительно, из степей от казаков было получено донесение, что крымский хан готовится к набегу на московские владения. Земским собором был избран на царство Борис Годунов, после чего он торжественно въехал в Москву.
Тревожное положение на границах со стороны Крыма заставило отложить коронацию, Борис собрал вооруженные силы и двинулся на границу. Во главе войск выступил сам Борис. Годунов выехал в окружении всей знати, и все было использовано для внешнего эффекта. По сведениям современников, приказы Годунова производили исключительное впечатление в народных массах, и не было ни ослушных, ни ленивых, и все спешили к назначенному сборному месту. Московские войска в количестве 500 000 были расположены: главный стан в Серпухове, полк правой руки – в Алексинском; левой – в Кашире; передовой – в Калуге и сторожевой – в Коломне. В окружении Годунова было пять царевичей: киргизский, сибирский, шамахинский, хивинский и сын Кабулина. Между князей и бояр были Мстиславские, Шуйские, Годуновы, Романовы и др.
Принятые меры имели положительные последствия: татары не только не появились у границ, но унизительно просили мира.
