Неожиданным нападением Херсон был занят войсками Юстиниана без сопротивления. В городе был захвачен тудун и арестованы все представители местной власти. Протополита Зоила вместе с тудуном в оковах отправили в Константинополь, а остальных «знаменитых и первенствующих в городе мужей» в числе 40 человек заживо сожгли[741]. Жителей ограбили, частично перебили и обратили в рабство. Хронисты сообщают, что Юстиниан остался недоволен действиями флота и приказал ему немедленно вернуться для продолжения операций, так как сделанного, по его мнению, было недостаточно. Осталась невыполненной вторая задача, а именно, возвращение из-под власти хазар других городов Крыма, включая, возможно, и Боспор. И на этот раз флот по пути сильно пострадал от бури; число потонувших определяется в 75 тысяч человек. Юстиниан собирался послать другой флот, но в это время «жители тех укреплений», узнав о готовящейся новой экспедиции, «послали к кагану в Хазарию просить войска для охраны своей»[742]. По всей вероятности, под «укреплениями» подразумеваются крымские городки, находившиеся во владениях Херсона, а может быть и другие крымские города, непосредственно подчинённые хазарам и опасавшиеся, что их постигнет та же кара со стороны Византии, какую уже претерпел Херсон. Всё это не могло не обеспокоить хазар и не побудить их организовать сопротивление воинственным замыслам Юстиниана.
В самом Херсоне вспыхнуло восстание против Юстиниана; во главе его встал сосланный сюда знатный армянин Вардан, которого ещё Апсимар заподозрил в намерении захватить трон византийских императоров и выслал на остров Кефалонию, откуда Юстиниан перевёл его в Херсон. К восстанию примкнул и Спафарий Илья, назначенный Юстинианом правителем Херсона.
Узнав об этом, Юстиниан направил в Херсон патрикия Георгия, епарха Иоанна и турмарха фракийских войск Христофора с отрядом в 300 воинов с поручением восстановить в городе прежнее положение, вернуть хазарского тудуна и главу херсонского самоуправления протополита Зоила и отозвать назначенного туда византийского правителя, вышеупомянутого Спафария Илью. Юстиниан пытался таким образом ликвидировать последствия своей опрометчивости и путём восстановления того положения, которое было в Херсоне до его возвращения Византией, погасить очаг опасного для трона возмущения.
Но херсонцы к этому времени зашли уже далеко; они «изгладили имя Юстиниана и с прочих крепостей и провозгласили царём Вардана-Филиппика»[743], иначе говоря, восстание охватило теперь уже не только Херсон, но и другие связанные с ним города Крыма и вылилось в правительственный переворот, угрожавший самому существованию Юстиниана. Херсонцы захватили посланцев императора, двух сановников убили, а турмарха Христофора с его отрядом вместе с тудуном и прототюлитом Зоилом отправили к кагану. Дорогою тудун умер. Хазары на его поминках перебили 300 солдат этого отряда вместе с их начальником.
Во всех этих событиях роль хазар была, по-видимому, более значительной, чем это указано хронистами[744]. Подчинение Херсона хазарам произошло без нажима со стороны последних и было результатом доброй воли самих херсонцев, продиктованной опасениями мести со стороны Юстиниана. Заговор Вардана, нашедший благоприятную почву для развития среди возмущённых жестокой расправой херсонцев, мог созреть только при содействии хазар. Однако восставшие против Юстиниана херсонцы не отдались снова под власть хазар, а отправили возвращённого из Константинополя тудуна вместе с придерживавшимся хазарской ориентации протополитом к кагану. Экономически и культурно Херсон был слишком тесно связан с Византией, чтобы согласиться на окончательный разрыв с империей, если в этом не было острой необходимости. Замечательно, что на этот раз восстание с самого начала развёртывалось не как событие узкого местного значения, а с целью общегосударственного переворота. Особо следует подчеркнуть, что и хазары не воспользовались тяжёлым положением, в котором оказался Херсон, для того, чтобы силой подчинить его своей власти, а наоборот, поддержали его в борьбе с центральным правительством. Они учли предшествующий опыт, когда в результате перехода Херсона в их руки возник острый конфликт с Юстинианом, лишь в силу случайных обстоятельств не вылившийся в хазаро-византийскую войну. Теперь они, поддерживая Вардана, не хотели новых осложнений и ради союза и дружбы с Византией не претендовали на Херсон.
Юстиниан отправил против Херсона большое войско под начальством патрикия Маврикия с задачей полностью уничтожить город и его жителей. Прибыв на кораблях, оно осадило мятежный город и успело разбить осадными орудиями две городские башни, расположенные со стороны моря[745]. Подоспевшие на выручку крупные силы хазар заставили прекратить осаду. По-видимому, еще до осады Вардан бежал из Херсона к хазарскому кагану, который признал его императором.