В Хазарии разразилось восстание феодалов, недовольных уже не столько религиозными, сколько политическими реформами Обадия, и оно было настолько грозным, что приковало к себе все внимание и все силы хазарского правительства. Это не было восстание эксплуатируемых низов, это, по прямому свидетельству Константина Багрянородного, была борьба за власть в государстве, борьба хазарской знати с узурпатором Обадией, захватившим власть в свои руки и оттеснившим других феодалов от государственного пирога. Борьба была жестокой и беспощадной; и та и другая сторона искали себе поддержки на стороне. Надо полагать, что именно в ходе этой междоусобицы и ослабления Хазарии мадьяры из Заволжья прорвались к западу от Дона. По всей вероятности, они были втянуты в междоусобную хазарскую войну и действовали на стороне повстанцев, может быть даже и явились сюда по их приглашению. В свою очередь, хазарское правительство, не располагавшее достаточными, а главное надежными силами внутри собственно Хазарии и не могущее рассчитывать на поддержку со стороны большинства иноплеменных вассалов, вызвало себе на помощь гузские или печенежские племена, которые отныне становятся главной силой и опорой хазарских царей. Об этом со всей убедительностью свидетельствует состав гарнизона Саркела. Как уже отмечалось, охрана важнейшей хазарской крепости была поручена не хазаро-болгарам, а гузам или печенегам, которые и заняли ее цитадель, а своими кочевьями заполонили всю Хазарию.
Хазарское правительство подавило восстание, но очень дорогой ценой. Значительная часть хазарского населения была истреблена в незнающей пощады гражданской войне, уцелевшая часть повстанцев вынуждена была вместе с мадьярами бежать на крайнюю оконечность хазарских владений за Днепр, где те и другие оставались до конца столетия. Сама Хазария была теперь занята грубыми, малокультурными кочевниками не то из числа гузов, не то печенегов, а может быть тех и других вместе. Собственно хазар оставалось немного, и они сосредоточились в немногочисленных хазарских городах.
Как долго продолжалась междоусобная война в Хазарии, какие годы она охватывала, мы точно не знаем. Последним заключительным актом ее, означающим торжество центрального правительства, было построение Саркела и восстановление дружественных отношений с Византией, выражением чего и явилось прибытие в Хазарию спафарокан-дидата Петроны Каматира в 834г. Хазарии пришлось признать аннексию Готии Византией.
По всей вероятности, восстание началось еще при жизни Обадия и продолжалось при его ближайших преемниках. Известно, что после Обадия правили его сын Езекиил и внук Манасия, но очень короткое время, так как следующим за ними царем был брат Обадия Ханукка, потомками которого и были последующие цари Хазарии до Иосифа включительно. Непродолжительность правления потомков самого Обадия, может быть, является результатом гибели их в междоусобной войне. В таком случае, окончательное утверждение новых порядков в Хазарии надо связывать с братом Обадия Хануккой, при котором, возможно, и была выстроена кирпичная крепость на Дону-Саркел. Само восстание надо, по-видимому, датировать вторым и третьим десятилетиями IX в., к сожалению, без точного определения годов его начала и конца.
Борьба могла продолжаться долго, перекидываясь из одной части страны в другую, то затухая, то разгораясь вновь. По самой своей природе феодальные образования разноплеменной Хазарии не были способны на единовременное, организованное выступление. Отказ в повиновении центральному правительству, отпадение отдельных областей, племен или даже родов - все это происходило, вероятно, разрозненно, анархично, что, конечно, облегчало положение правительства и позволяло ему расправляться с непокорными поодиночке. Однако временами, когда правительству Хазарии приходилось иметь дело с сильными противниками, положение становилось крайне серьезным и борьба могла вестись с переменным успехом, растягиваясь на годы. Особенно опасным было восстание хазарских родов, лишавшее правительство той опоры, которая давала ему возможность господствовать над различными другими племенами. Утверждение новых порядков в Хазарии поэтому стало возможным лишь после того, как ее иудейское правительство обзавелось наемной армией и стало независимым от народа.
Иудейская религия, сделавшаяся при Обадии религией хазарского правительства и освящавшая новые, установленные им порядки авторитетом Библии, точно так же, как и эти порядки, не могла не встретить активного противодействия со стороны многочисленных в Хазарии христиан и мусульман. Без сомнения, Обадий и его ближайшие преемники стремились сделать иудейство государственной религией Хазарии со всеми вытекающими отсюда последствиями. Но этой цели нельзя было достичь, не преодолев сопротивления со стороны последователей других религий, укоренившихся в Хазарии, без борьбы тем более острой, что сторонники этих религий могли поднять лозунг защиты веры как знамя политического действия, что и показал пример Готии.