Правительство, напутанное размахом восстания, сосредоточило все силы для его подавления. Были сменены неспособные и бездеятельные военачальники, переброшены крупные подкрепления. Примерно в 1800 г. в ходе гражданской войны наступил перелом, ускоренный тем, что на сторону маньчжурского двора перешли многие влиятельные кланы, верхи которых были напуганы размахом народной борьбы и наступившей смутой. Отряды местной самообороны, созданные ими, приняли активное участие в войне, оказывая помощь войскам центрального правительства. С восставшими расправлялись с крайней жестокостью. Население, оказывавшее помощь инсургентам, насильно уводилось из районов боевых действий, а их жилища и посевы уничтожались. В середине 1800 г. был схвачен и казнен в Пекине один из наиболее популярных руководителей восстания Лю Чжисе, однако сопротивление продолжалось.
Чтобы привлечь на свою сторону недовольных, цинские власти пообещали сократить налоги и поборы, а также простить тех, кто готов прекратить сопротивление. Вместе с тем для содержания армии повстанцы были вынуждены проводить насильственные мобилизации и реквизировать продовольствие, что не всегда находило поддержку у населения. К концу 1803 г. пекинское правительство смогло восстановить контроль почти над всей территорией Центрального Китая. Лишь в глухом районе на стыке Сычуани, Хубэя и Шэньси, покрытом густыми лесами, продолжали укрываться последние отряды повстанцев. К середине 1804 г. были подавлены и эти последние очаги сопротивления.
С поражением восстания 1796—1804 гг. религиозные секты и тайные общества не отказались от дальнейшей борьбы. В 1813 г. «Общество Небесного разума» (скорее всего, одно из ответвлений «Белого лотоса») организовало восстание в Северном Китае Его руководитель был объявлен правителем Китая, преемником минской династии. В октябре 1813 г. отряд заговорщиков, насчитывавший около 200 человек, проник на территорию «Запретного города» — резиденцию маньчжурских правителей в Пекине Однако нападение было отбито многочисленной дворцовой стражей. Цинские войска расправились с восставшими, их предводителе был схвачен и казнен. К началу 1814 г. были разгромлены последние повстанческие отряды.
Несмотря на поражения, религиозные секты и тайные обществу продолжали антиправительственную деятельность на протяжении всего XIX века. Под их руководством крестьяне и горожане боролись против маньчжурской династии, требуя сокращения налогов и повинностей, ликвидации коррумпированного чиновничества.
Характер народной борьбы на рубеже XVIII—XIX вв. по сравнению с предшествующими эпохами не претерпел существенных, изменений. Это были по-прежнему вполне традиционные требования свержения династии, утратившей мандат на управление государством, подкрепленные патриотическими лозунгами восстановления китайского правления.
После маньчжурского завоевания характер социально-экономических отношений в Китае не претерпел кардинальных изменений. Это в равной мере можно отнести к сфере как городской экономики, так и аграрного строя. В этом смысле можно говорить о едином минско-цинском периоде в истории Китая. Для этого времени, с точки зрения функционирования экономических и социальных институтов, характерно действие тех же тенденций, которые сложились в стране в послесунский период. Они характеризовались возрастанием значения интенсивного поливного рисоводства, прогрессирующим увеличением численности населения, деградацией технологической основы сельскохозяйственного производства.
В соответствии с традицией и в цинский период все земли делились на две категории: народные (минь) и чиновничьи или государственные (гуань). Основой экономической и социальной жизни в деревне продолжала оставаться китайская клановая община, покоившаяся на совместном владении землей и родственных связях, объединявших общинников. Земли, находившиеся в коллективном владении, как правило, обрабатывались совместно, а также сдавались в аренду членам общины или жителям соседних деревень. Арендная плата, собиравшаяся с общинной земли, принадлежала всему деревенскому коллективу. По установившейся традиции коллективные земли, реально принадлежавшие общине, включались в категорию гуань, т.е. с них, как и с других земель, входивших непосредственно в казенный фонд, поземельный налог не собирался.
На характер использования доходов от земли указывало само название той или иной формы коллективного землевладения. Получили распространение, например, «училищные» земли, доход от которых шел на содержание деревенской школы, оплату услуг учителя, помощь талантливой молодежи, желавшей продолжить образование, испытать себя на государственных экзаменах, если у родителей не было средств.
