КубГУ является членом Евразийской ассоциации университетов, Ассоциации институтов сейсмологии США (IRIS), базовым вузом в ассоциации Черноморского экономического сотрудничества (ЧЭС), членом корпорации Федерального центра науки и высоких технологий Всероссийского научно-исследовательского института по проблемам гражданской обороны и чрезвычайных ситуаций. На базе КубГУ функционируют подразделения Южно-Российского отделения Российской Академии наук.
В 2002 году Кубанский госуниверситет награжден золотой медалью за безупречную деловую репутацию, а в 2004 году он вошел в число 100 лучших вузов России и награжден золотой медалью «Европейское качество».
Более 20 лет КубГУ возглавляет Владимир Андреевич Бабешко — доктор физико-математических наук, профессор, академик Российской академии наук, член Президиума РАН, лауреат Государственной премии Российской Федерации, вице-президент Союза ректоров России. В. А. Бабешко — заслуженный деятель науки России, Кубани, Адыгеи, почетный гражданин г. Краснодара, Герой труда Кубани, член ряда научных отечественных и зарубежных советов и обществ, имеет правительственные награды. В 2004 году отмечен почетным знаком «Ректор года».
