В III в. источники уже с большей определенностью сообщают об отдельных римских епископах, о папах, хотя их хронология по-прежнему остается неточной. Папа Виктор (189–198?), избранный при императоре Септимии Севере (192–211), проявил себя как вполне самостоятельный глава церкви. В тот период римская церковь – благодаря тому, что к ней присоединилось много знатных и богатых людей – стала значительно богаче. Милостыню среди бедных членов общины распределяли диаконы, главой которых был архидиакон. Неслучайно Виктор до избрания епископом сам был архидиаконом. Став папой, Виктор резко, в авторитарном духе выступил против восточных церквей в споре о Пасхе. В Риме и на Западе пятницу, следующую за 14-м днем месяца нисан (апрель), отмечали как Великую пятницу – смерть Иисуса на кресте, – а через день (в Пасху) праздновали его Воскресение. На Востоке же смерть Христа отмечали 14 нисана, на какой бы день недели это ни падало, а спустя два дня – его воскресение. Виктор (по-видимому, это было в 196 г.) созвал в Риме собор, в котором участвовали 14 итальянских епископов, и на этом соборе западный обычай был объявлен обязательным для всей церкви. Однако многие епископы в Малой Азии отказались следовать этому решению и на своем соборе в Эфесе выступили за сохранение прежнего обычая. Папа в ответ предал их анафеме. Приговор выглядел слишком строгим, так что даже ряд западных епископов, в том числе Иреней, не согласились с ним, и папа вынужден был отменить свое решение. История эта свидетельствует, в частности, о том, что папа стремился утверждать свое верховенство уже и в вопросах догматики.
В 199–217(?) гг. папой в Риме был Зефирин – этот период заслуживает упоминания только в связи с тем, что, как сообщают отдельные источники, еретики выдвинули в противовес ему некоего священника Наталия в качестве антипапы. Преемником Зефирина стал его ближайший помощник, архидиакон Каликст (217–222). Это говорит уже о том, что на смену свободным выборам постепенно приходит практика наследования епископской власти внутри клира. Оппозиция же прибегла к уже опробованному приему, избрав антипапу в лице Ипполита. По всей вероятности, в римской экклезии к этому времени сформировались две партии, и каждая из них выбирала своего епископа.
Первый достаточно длительный период sede vacante (вакантного, то есть незанятого папского престола) имел место во время преследования христиан императором Децием (249–251). Жертвой этих преследований стал папа Фабиан (236–250), после чего в течение целого года община не имела возможности выбрать нового епископа. Заботясь об укреплении государственной религии, Деций планировал принудить всех христиан к отказу от веры. Преследования 250 г. действительно затронули широкие слои населения империи; наряду с большим количеством мучеников многие христиане (в их числе были даже епископы) стали вероотступниками.
В период папства Стефана I (254–257) в африканских общинах развернулась полемика по вопросу, следует ли еретиков и вероотступников, пожелавших вернуться в истинную веру, крестить заново. Очевидно, таковых было много, что понудило римского епископа задуматься над тем, как облегчить бывшим вероотступникам возврат в лоно церкви, – он посчитал повторное крещение ненужным. Послание Стефана по этому вопросу, направленное им карфагенскому епископу, было выдержано в весьма решительном тоне, что опять-таки свидетельствует о растущем верховенстве римского епископа в принципиальных вопросах веры.
В середине III в. римская христианская церковь находилась в состоянии расцвета; об этом периоде есть следующие данные: количество верующих – примерно 30 тысяч; клир – 46 пресвитеров, 7 диаконов, 7 поддиаконов, 42 алтарных слуги (acholythus), 52 младших служащих (чтецы, экзорцисты, привратники). Римский клир в строгом иерархическом порядке (соответственно приведенному перечню) подчинялся стоящему во главе церкви епископу. Внутри самого клира также существовала иерархическая дистанция между священнослужителями высшего ранга и более многочисленным отрядом низшего духовенства.
В последней трети III в. церковь подошла к новой ступени своего расцвета, власть ее все возрастала. Заботясь об укреплении единства империи, император Диоклетиан (284–305) не мог терпеть ситуации «государства в государстве» – и предпринял попытку разрушить церковь. Гонения на церковь при Диоклетиане были самыми кровавыми в ее истории: несколько тысяч христиан были казнены, еще больше стали вероотступниками. Папой в это время был епископ Марцеллин (296–304): ему пришлось вести борьбу не только с государством, но еще и с манихейством – вероучением, пришедшим из Персии. В сложных перипетиях борьбы, по свидетельству ряда источников, папа проявил слабость: страшась мученической смерти, он пожертвовал верой и стал вероотступником. Гонения и преследования при Диоклетиане подорвали римскую церковь организационно: целых четыре года здесь не могли избрать нового епископа.