Учение Реформации о Церкви является совокупным выражением ее основных богословских устремлений. Акт веры как выражение личностного, субъективного религиозного опыта, в котором человек обращался к Богу напрямую, минуя всех посредников, необходимо привел к отказу от благодатного посредничества Церкви и ее Таинств. Другой постулат Реформации — sola Scriptura — отвергал ее вероучительное посредничество, утверждая право каждого христианина на собственное истолкование истин Священного Писания. Если Католическая Церковь воздвигала между человеком и Богом иерархически организованное посредничество, то вожди Реформации не нашли ничего лучшего как просто избавиться от него, оставив человека наедине с Богом. Церковь не может быть посредницей в Богообщении верных, ибо все они, имея единственного Ходатая — Иисуса Христа, научены от Него, освящаются непосредственно Его Духом, и каждый верующий непосредственно связан со Христом своей верой.
Исторически протестантский взгляд на Церковь развился как реакция на существенные недостатки католической экклезиологии, в которой преобладало представление о Церкви как о религиозном сообществе. В нем было угнетено духовное начало, бытие Таинств, претворяющее это общество в Тело Христово. Земному, видимому образу Церкви Реформация противопоставила неземной и невидимый. По словам самого Лютера, «святая христианская Церковь говорит: верую во святую христианскую Церковь, а Церковь папская говорит: вижу христианскую Церковь. Та говорит, Церковь ни здесь, ни там — а эта говорит: Церковь здесь-то и там-то».
Это стремление к духовному образу Церкви было вполне естественным и оправданным. Реформация попыталась восстановить ущербность духовного начала католической церковности, но ложно определила природу этого духовного начала. Вместо Церкви, совершающейся в таинствах, Реформация утвердила образ церкви, совершающейся верой каждого из ее верных. Отрешившись от земного образа Церкви как видимого сообщества, Лютер обратился не к сакраментальному началу церковной жизни, а заменил католическую крайность на противоположную — вместо опыта земного сообщества он утвердил основой церковности религиозный опыт отдельной личности.
Объективированному земному образу Церкви в католичестве Реформация противопоставила субъективное начало веры, и человек, «состоя из двух природ, тела и души, <…> не по телу, которое совершает те или другие дела, считается членом христианства, а по душе, то есть по вере», вступает в Церковь и пребывает в ней не по благодатному действию ее таинств, а по своей вере. «Для единства церкви не нужны человеческие установления <…> оправдание, приходящее чрез веру, не связывается внешними церемониями». Церковь существует не потому, что в ней совершаются таинства, а потому что веруют ее верные, она есть «духовное собрание душ в одной вере».
Второй общехристианской проблемой, которую пыталась и не смогла решить Реформация, была проблема греховности в Церкви. Вся история христианства и католического Средневековья в особенности свидетельствовала о том, что Церковь часто наполняют люди недостойные, которые своими грехами разрушают ее святость. Как можно примирить греховность земного бытия Церкви с ее Божественным происхождением и призванием? Отцы Реформации попыталась отделить праведных от грешников учением о невидимой Церкви. В среде тех, кто называют себя христианами и образуют видимую Церковь, незримо пребывает истинная Церковь, к которой принадлежат истинно верующие и оправданные этой верой праведники. По воззрениям отцов Реформации эта истинная невидимая Церковь во все времена пребывала в пределах зримой Церкви, и «Церковь невидимая заключается в видимой как душа в теле», но зримо она проявилась в мире в эпоху Реформации. «Лицемеры и злые (то есть грешники) также могут быть членами церкви по внешнему общению», но они не принадлежат к ней по существу, церковь святых всегда незримо отделяет себя от временно пребывающих в ней грешников, но это отделение явно обнаружится только на Страшном суде, и Лютер прямо соотносил невидимую Церковь с Царством Божиим, о котором говорил Спаситель. Подобно тому как вера есть начало духовное и невидимое, соответственно и Церковь, к которой человек присоединяется через веру, должна стать невидимой, неподвластной внешним проявлениям. Эта подлинная Церковь невидима и, будучи основана только на вере, сама становится предметом веры.
