Следствие опиралось на конфликт между инженерами и рабочими. В обвинительном заключении говорилось: «Нет почти ни одной области в производстве, где бы рабочие не указывали следствию на конкретные случаи вредительства и на определенных виновников его. Уличенные этими показаниями, обвиняемые были вынуждены признать свою вредительскую работу». Обвиняемые признавались в том, что получали деньги от бывших хозяев за информацию о положении дел на предприятиях, а также в сотрудничестве с белыми во время гражданской войны, в том, что после прихода красных поддерживали связи с бывшими хозяевами и в их интересах стремились сдерживать расходование запасов полезных ископаемых и даже затапливали шахты с целью их консервации. Кто-то не доглядел за рабочими – разворовали имущество. Кто-то не там прорыл шурф. У кого-то сломалась лебедка. Ничего невероятного для советских людей в этих показаниях не было. Шахтинское дело выделялось масштабом. ОГПУ объединило, амальгамировало разных людей с похожими «грехами» в единую «организацию». Суду были преданы 53 человека. 23 подсудимых не признали себя виновными, другие поддакивали прокурору Н. Крыленко с разной степенью активности.
Судья А. Вышинский, бывший меньшевик, демонстрировал «объективность». Впоследствии он даже гордился, что в одном из зарубежных комментариев вынесенный Вышинским приговор назвали «поражением Крыленко». В зависимости от готовности сотрудничать с обвинением и наличия хоть каких-то свидетельств «вредительства» наказание оказалось очень различным. Четырех обвиняемых даже оправдали, так как предъявленные им обвинения были основаны на вопиющей некомпетентности свидетельствовавших рабочих. Но 11 подсудимых были приговорены к расстрелу. Причем, 6 из них, активно сотрудничавшим со следствием, была сохранена жизнь. Так отрабатывались методы процессов 30-х гг.: уличить обвиняемого в чем-либо наказуемом, а затем, в обмен на жизнь, добиться от него признательных показаний, значительно усугубляющих вину в глазах общества. Затем с помощью нескольких сотрудничавших со следствием обвиняемых доказать остальным, что они, совершая незначительные политические преступления, на самом деле участвовали в разветвленной вредительской организации. Чтобы спасти себя в этих условиях, нужно каяться. Таким образом удавалось превратить противника в союзника, скомпрометировать не только того, кто признавался во «вредительстве», но и «идейное руководство» – людей, способных предложить альтернативную стратегию развития страны. Компрометация и изоляция этих людей стала важнейшей задачей сталинской группы.
Шахтинское дело не вызвало возражений ни у кого из большевистских лидеров. То, что старые специалисты недолюбливали советскую власть и ждали реставрации – не было секретом. При этом граница между ошибками в работе, разгильдяйством и вредительством была размытой. Побывавший в Донбассе Томский отвечал Ворошилову, спросившему, нет ли в этом деле перегибов со сторону ОГПУ: «картина ясная. Главные персонажи в сознании. Мое мнение таково, что не мешало бы еще полдюжины коммунистов посадить». Но это еще не входило в планы Сталина. Зато Шахтинское дело ослабило интеллектуальную поддержку «правых».
Дискуссия о путях индустриальной модернизации осенью 1928 г. продолжала обостряться. Украинское руководство в этой борьбе поддержало Сталина. На ноябрьском пленуме 1928 г. первый секретарь ЦК КП (б) У С. Косиор утверждал, что в своем докладе Рыков «сгущает краски» и «пужает», характеризуя экономическое положение, а глава правительства Украины В. Чубарь, напротив, был готов попасть в эту же категорию «пужателей», рассказывая об Украине, но в своих выводах ориентировался на необходимость скорейшей модернизации.
