Обе партии привели с собой вооруженное ополчение своих сторонников. Причем перевес на стороне православных оказался так велик, что привел в ужас приверженцев унии. Несмотря на это, после продолжительных совещаний епископы провозгласили унию и предали проклятию всех протестующих. В свою очередь Никифор, как экзарх Константинопольского патриарха, провозгласил декрет о низложении перешедших в унию епископов, и предал проклятию всех сторонников унии.
Король остался на стороне униатов, и уния была объявлена законной, равно как и права епископов-униатов. Напротив, православие юридически объявлялось нелигитимным на территории Речи Посполитой.
После объявления Брестской унии начинается новый этап борьбы за православие. Поражение казацкого восстания усложняло ситуацию. Уния теперь активно распространялась как путем проповеди, так и путем насилия. В начале 1597 г. константинопольский экзарх Никифор, присутствовавший на Брестском соборе, был обвинен в шпионстве, посажен в крепость и там умер.
Братства предпринимали совместные акции по защите православной веры, в том числе отправку объединенной делегации к королевскому двору.
Одновременно началась и религиозная полемика. Иезуит Скарга издал «Synod Brzeski i iego obrona». В ответ Христофор Фалалет Бронский, член Острожского кружка написал «Апокризис, альбо отповедь на книжки о соборе берестейском», опровергавший книгу Скарги. В нем рассматривались такие актуальные в тот момент вопросы, как отношения паствы и епископов, собора и иерархии т. д. Православный львовский священник, бывший на Брестском соборе, написал «Перестрогу», т. е. предостережение, в которой в частности, рассказывал, как на самом деле была введена уния. В 1610 г. Мелентий Смотрицкий издал «Плач» православной церкви по поводу отступничества от нее детей. Впервые украинские православные деятели оказались способными вести научную полемику, ни в чем не уступая своим католическим противникам.
Не находя поддержки у правительства, православные заключили в 1599 г. союз с протестантами, с целью противодействовать католикам и униатам. В том же 1599 г. новым униатским митрополитом был назначен Потий, который энергично занялся распространением унии, пользуясь тем, что на его стороне всецело была светская власть.
Потий вел борьбу с православными епископами и монастырями, отнимал у них имения, лишал духовные лица их мест и замещал их униатами. Разгромив православие в Вильно, он вознамерился сделать то же самое в Киеве. Не один раз он делал попытку завладеть Киево-Печерской лаврой, но это ему не удавалось благодаря энергичному сопротивлению архимандрита Никифора Тура, который просто не пустил Потия (1599 г.). Упорную борьбу вели православные с униатами и за право владения Софийским собором.
После смерти в 1608 г. князя Константина Острожского, главной силой, которая выступала защитниками православия в украинских землях, становятся казаки. В 1610 г. казацкий гетман Григорий Тусканевич прямо предупредил киевского войта, что если представитель униатского митрополита вздумает притеснять местное духовенство и мешать свободному отправлению богослужения, то будет убит казаками «яко пес». С помощью казаков архимандрит Никифор Тур в 1614 г. отстоял все владения Киево-Печерского монастыря.
Между тем, после поражение восстания С. Наливайко положение казачества было сильно ослаблено. Часть из них ушла в Запорожье, другая разошлась по городам. Но внешнеполитическое положение Речи Посполитой вскоре заставило польские власти искать новое соглашение с казаками. В 1600 г. казацкий гетман Самойло Кишко с 4000 казаков по просьбе короля ходил на Молдавию, а затем в Ливонию против шведов.
В 1604–1612 гг. украинские казаки принимали самое активное участие в событиях русской Смуты. Наряду с польской шляхтой многие из них отправились искать счастье в Московское государство. Только с Дмитрием Самозванцем в 1604 г. на Москву пошло 12 000 украинских казаков – там были и реестровые, и запорожцы и примкнувшие к ним «показаченные».
Эти походы имели и обратную сторону медали. Польское правительство не соглашалось увеличить размер реестра свыше 1000 человек, а в войне приняли участия десятки тысяч «показаченных». По окончанию войны все они остались без доходов и средств к существованию. Начинались грабежи и разбои, что не приносило славы казацкому имени. Прекратить анархию в казацкой среде и создать регулярную армию, ставшую грозной военной и политической силой в Речи Посполитой, удалось Петру Конашевичу по прозвищу Сагайдачный.
Родился будущий гетман примерно в 1570 г., в селе Кульчица Самборского повета воеводства Руського, в Галиции. Он происходил из семьи украинского шляхтича Конона из рода Конашевичей-Попелей герба «Побуг» и Пелагеи. Прозвище свое он получил позже, уже на Запорожье: «сагайдаком» татары называли колчан для лука и стрел.
