Наивысшим достижением Могилы по укреплению церковной организации стал киевский собор 1640 г., на котором обсуждался проект катехизиса, вопросы обрядов, дисциплины и т. д. Новый катехизис «Православное исповедание веры», написанный Могилой совместно с Исайей Трофимовичем-Козловским был передан на рассмотрение константинопольскому патриарху на соборе в Яссах в 1642 г. и утвержден всеми четырьмя православными патриархами в 1643 г. Это был триумф могилянского кружка и украинского православия, доказавших свою состоятельность в богословских вопросах.
Серьезной проблемой украинской православной церкви было различие в религиозных обрядах. Могилянскому кружку удалось подготовить и издать «Молитвослов или Требник», ставший наиболее полным сборником литургий. Он был издан за две недели до смерти Могилы 16 декабря 1646 г. В этой огромной работе, насчитывавшей более 1700 страниц помимо чинов, имелось много пояснений важности и значения обрядов. Таким образом Могила добивался введения в своей митрополии единой практики литургий.
Реформы Могилы в последствии были использованы патриархом Никоном при подготовки церковной реформы в Московском государстве. Именно на ученых киевских богословов Никон опирался в своих действиях.
Наступление католицизма в 40-е годы проходило на фоне «золотого века польской шляхты», которая после подавления казацких восстаний поверила в свою вседозволенность. Анна Ходкевич, в девичестве Острожская, перенесла прах своего отца, последнего православного Острожского, в иезуитский монастырь и там перекрестила его по католическому обряду. Это вызвало массовые выступления протеста, но они были жестоко подавлены. В 1640 г. по решению воеводского суда, был казнен по несправедливому обвинению студент киевского коллегиума, с единственной целью запугать его соучеников.
Могила всегда выступал за эволюционный путь решения споров в легальных рамках. В этом он коренным образом отличался от лидеров казацкого движения. Символично, что Петр Могила умер 1 января с. с. 1647 г., за год до начала восстания Б. Хмельницкого, изменившего судьбу Украины и Речи Посполитой. Все свое огромное состояние он завещал Киевскому коллегиуму. Похоронен Могила был в Успенской церкви Киево-Печерской Лавры. Когда в ноябре 1941 г. собор был взорван, могила митрополита была уничтожена.
Восстание Богдана Хмельницкого коренным образом изменило не только дальнейшую судьбу Украины, но и перекроило всю политическую карту Центрально-Восточной Европы. Именно в ходе этих событий было создано государственное образование Украинское гетманство.
Поводом к восстанию послужил личный конфликт малоизвестного чигиринского сотника с еще менее известным мелким польским чиновником. Богдан Хмельницкий происходил из украинского православного шляхетского рода. Отец его, Михаил, был реестровым казаком и погиб в битве под Цецорой.
