Поступок гетмана расколол украинское общество. Не будучи подготовленными, многие колебались. Окружение Петра провело ряд оперативных шагов, поставивших Мазепу и его ближайшее окружение в крайне затруднительное положение. Была захвачена и показательно наказана (сравнена с землей) гетманская столица Батурин. В Глухове в присутствии царя и немногих старшин, которые по разным причинам не уехали с гетманом, состоялось представление, символизировавшее гражданскую казнь, которая совершалась над чучелом Мазепы (за неимением его самого). По окончанию этого действия состоялась уже реальная казнь захваченных в Батурине старшин, а затем формальные выборы нового гетмана. При создавшихся условиях старшина утвердила гетманом представленного Петром генерального есаула И. Скоропадского. Наконец, 12 ноября, по приказу Петра была объявлена церковная анафема Мазепе.
После известия о присоединении запорожцев во главе с кошевым атаманом К. Гордиенко к Мазепе и Карлу XII, в Запорожскую Сечь были направлены три пехотных полка и драгуны во главе с генерал-майором Г. Волконским и полковником П. Яковлевым. Были уничтожены Келеберда и Переволочная. 11 мая 1709 г. П. Яковлев подступил к Запорожью. После трех часов отчаянного сопротивления Сечь была взята, все запорожцы и жители погибли (в плен живьем взяли только 12 человек) или были казнены. Казаков и старшин вешали, рубили головы, оскверняли могилы старых запорожцев. Голову замещавшего кошевого атамана послали запорожцам для устрашения.
После поражения шведской армии под Полтавой, остатки казаков Мазепы, старшина и запорожцы ушли под защиту турецкого султана в Бендеры. 21 сентября 1709 г. И. Мазепа умер от инсульта.
Казаки, находившиеся в эмиграции, после смерти И. Мазепы избрали своим гетманом генерального писаря Ф. Орлика. 10 мая 1710 г. он получил от Карла XII «объявительный диплом». После официального избрания, нового гетмана признали шведский король и турецкий султан.
При этом была составлена так называемая Конституция, т. е. свод основных положений и законов Украинского гетманства (на украинском и латыни). По новейшим данным она была написана во втором десятилетии рукой И. Максимовича. В составлении принимали участие помимо Ф. Орлика – А. Войнаровский, К. Гордиенко, А. Горленко, И. Ломиковский и Ф. Мирович. Этот документ, представлявший собой соглашение между гетманом и Войском Запорожском (в государственном смысле этого термина), стал интересным образцом украинской политической мысли раннего Нового времени. Были обозначены границы гетманства – в пределах, которые оно достигало в период Богдана Хмельницкого. В первом пункте подчеркивалась верность «вере святой Православной Восточного исповедания», при этом объявлялось, что Киевский митрополит должен был подчиняться Константинопольскому патриарху, а не Московскому. Конституция ограничивала полномочия гетмана генеральной радой, в которую помимо старшин должны были входить выборные представители от всех полков и Запорожья. Рада должна была собираться трижды в год: на Рождество, Пасху и Покрова Богородицы, запрещалась секретная переписка гетмана, значительно повышался статус генерального суда. Отдельные пункты были направлены на то, чтобы запретить старшинам и администрации нарушать права и вольности казаков. Многие положения Конституции были революционными для своего времени, в частности, идея разделения исполнительной, законодательной и судебной властей, отделения церкви от государства и другие. Но другие статьи носили исключительно популистский характер: так отменялась аренда и другие поборы для содержания охотницких полков. В собственность Запорожья передавались огромные территории Дикого поля, без права строить там крепости или города. Эти пункты серьезно подрывали бы экономическое и военное состояние гетманства.
Став гетманом, Орлик начал активную деятельность по созданию антирусской коалиции. В частности, он провел переговоры с французским послом Дезаером. В конце ноября 1710 г. турки объявили войну России. 2 февраля 1711 г. Орлик заключил союзный договор с Крымом, согласно которому декларировалась независимость Украины. После этого Орлик вступил в Правобережье, имея под своим началом казаков, запорожцев и поляков, общей численностью 8 000 человек. К ним также была присоединена буджацкая и белгородская орда Мегмет Гирея (30 тысяч). Одновременно армия крымского хана должна была ударить на Воронеж и уничтожить верфи, а кубанский султан Ислам Гирей – напасть на Азов. Для защиты Украины русское войско вступило на Левый берег, а на Правобережье Скоропадский направил генерального есаула И. Бутовича.
