С 1605 г. и до конца жизни Лопе служит секретарем у герцога де Сессы; с этим довольно распущенным, но хотя бы не лицемерно-чванливым и к тому же щедрым вельможей у Лопе устанавливаются дружеские отношения. В 1610 г. Лопе окончательно переехал во вновь ставший столицей Мадрид.
Годы 1605–1613 можно считать вторым периодом драматического творчества Лопе. Правда, с достоверностью 1606 годом можно датировать одну лишь антиконтрреформационную «русскую» драму Лопе о Димитрии Самозванце — «Новые деяния Великого князя Московского»; примерно к этому времени восходит воспевающая свободолюбие колониальных народов пьеса «Тенерифские гуанчи»; вскоре Лопе пишет знаменитые историко-революционные драмы «Периваньес и командор Оканьи» (ок. 1610), «Фуэнте Овехуна» (ок. 1613); к этим же годам восходит одна из наиболее философичных религиозных драм Лопе «Лицедейство истины» (1608) и очень известные комедии «Причуды Белисы» (ок. 1608), «Собака на сене» (ок. 1613) и написанная для актрисы Херонимы де Бургос (Херарда — в стихах Лопе) комедия «Дурочка» (1613).
В этот же период была создана поэма «Новое руководство к сочинению комедий», полушуточно излагавшая эстетику поэтов национального театра, ориентировавшихся на на родные вкусы и «откладывавших ученые правила», когда надо было сочинять комедию.
Как ни был Лопе окрылен всенародным признанием, как ни велика была его стойкость, но и он задумывался над вопросами о совместимости своего творчества с религией. Как гуманистически ни была переосмыслена католическая вера у передовых испанских интеллигентов той поры, она сковывала их внутреннюю свободу. К этому надо прибавить, что объединения интеллигенции могли существовать в ту пору в Испании только в форме религиозных братств. Защиту интересов и относительную безопасность от инквизиции обеспечивали либо считавшееся почетным звание «приближенного инквизиции» (т. е. не находящегося на подозрении), данное Лопе в 1609 г., очевидно, по протекции герцога де Сессы, либо сан священника, либо вхождение в монашеский орден, что давало право писать перед именем «фрай» («брат»). Между пятидесятью и семидесятью годами Лопе прошел все эти круги чистилища. Духовные звания как охранная грамота появляются на титулах книг Лопе. Правда, едва поэт получил почетную синекуру в Апостолической палате, он сразу же, с 1617 г. («Девятая часть Комедий Лопе де Веги…»), снял с титулов книг «приближенный инквизиции», хотя в отдельных случаях в 1620–1621 г. вынужден был упоминать это звание.
Непременные для каждого испанского драматурга той поры духовные драмы Лопе писал не только по обязанности. Создавал он и прочувствованные духовные стихи, в которых выражалась протекавшая в его душе борьба. В 1625 г. был случай, когда Лопе в одной книге недоброжелательно отозвался об Эразме. Среди духовных произведений Лопе можно назвать упоминавшуюся поэму о Марии Стюарт «Трагический венец». Поэт, только что отведший душу в демократической комедии «Девушка с кувшином» и в драме «Стоять на своем до самой смерти», посвятил «Трагический венец» чудаковатому папе Урбану VIII (Барберини), автору латинских поэм, державшему сторону Ришелье, а не Габсбургов. Поэма пришлась по вкусу Урбану VIII, которому грезилось восстановление католицизма Стюартами, и Лопе получил степень доктора теологии, крест ордена Иоаннитов, что дало поэту право называться «брат» и поставило его в относительно независимое от испанских властей положение.
Примерно к 1614 г., когда начинается третий период творчества Лопе, рефлексия и сомнения проникают также в некоторые его светские пьесы. Однако поток богословской полемической литературы, направленной против Лопе и театра, показывает, что и в эти годы национальный театр противостоял церкви. Именно в это время углубленных религиозных размышлений Лопе выступает с произведениями, сознательно выведенными далеко за круг официально-церковных понятий. При этом ренессансная смелость произведений Лопе оттеняется рассудочностью дерзаний, которая с XVII в. углубила конфликт между передовой литературой и феодально-государственным мышлением.
И в частной жизни Лопе, будто по иронии судьбы, именно тогда, когда после смерти второй жены, в 1614 г., его смогли рукоположить в священники, оказался охваченным всепоглощающей страстью к Марте де Неварес (Марсия Леонарда, или Амарилида — в его стихах). Любовь эта была сопряжена с тяжелыми переживаниями; через несколько лет Марта тяжело заболела, а затем ослепла. «Несчастна любовь, противопоставляющая себя небу», — писал Лопе, но не отказался от своего чувства.
