Массилийцы приняли еще одну попытку добиться успеха на море. В город прибыла посланная Помпеем эскадра Л. Насидия из 16 кораблей. Навстречу вышел массилийский флот, состоящий из уцелевших старых и построенных новых кораблей. Горожане включили в состав флота даже крытые рыбачьи лодки (II, 4). У Тавроэнта эскадры соединились и вошли в гавань города. Массилийцы посадили на суда лучшую молодежь и элиту знати. Оставшиеся горожане собрались на возвышенных местах города, они «протягивали к небу руки из общественных мест, со сторожевых пунктов и со стены или шли к храмам бессмертных богов и, распростершись перед их изображением, молили о победе» (II, 5). Весь город смотрел на начинающееся морское сражение.
Массилийский флот стоял на правом, а эскадра Насидия — на левом крыле (II, 5). Массилийцы сражались с большим мужеством, но потерпели поражение, а эскадра Насидия ушла, практически не понеся потерь (II, 6–7). Пять массилийских кораблей были потоплены, четыре захвачены, один спасся с эскадрой Насидия (II, 7). Господство над морем перешло к цезарианцам.
Легионеры соорудили мощную подвижную башню, стены которой в толщину достигали 1, 5 метров (5 футов). Башня была защищена мощными стенами и циновками от метательных орудий (подробное описание башни — II, 9–10). Массилийцы несколько раз пытались разрушить сооружение, на нее скатывали каменные глыбы, бочки с горючим веществом и пускали воду из труб, но нанести ей ущерб так и не удалось (II, 10–11). Устроив навес, римские солдаты подвели к стене одной из башен крытую галерею и стали ее подкапывать. Когда башня стала обрушиваться, горожане обратились с просьбой о сдаче (II, 12). Они просили дождаться прибытия Цезаря. Требоний, получивший приказ не допустить штурма и разграбления города, приостановил операции, несмотря на недовольство солдат (II, 13).
Ночью массилийцы устроили вылазку, во время которой была подожжена башня. Огромное сооружение погибло в огне. Римляне сумели восстановить часть своих построек (II, 14–15), после чего массилийцы вернулись к мысли о сдаче (II, 16). Возможно, известное воздействие оказали известия о победе Цезаря в Испании (II, 16). Наконец, в городе начались голод и болезни, после чего из Массилии бежал Домиций.
Прибыв к городу, Цезарь принял осаду Массилии. Город был пощажен. Массилийцам пришлось разоружиться: из города были вывезены метательные машины, из гавани были выведены корабли, денежные ресурсы ставились под контроль римлян (II, 22). Статус свободной общины был сохранен (Dio, 41, 25), но в городе был оставлен гарнизон (II, 22). (См. также Liv. Epit, 110; Flor, IV, 2, 24–25; Veil., II, 50; Dio, 41, 25).
Осада Массилии осталась неприятным эпизодом. Во времена Страбона это по-прежнему был процветающий город, а войны Цезаря в Галлии, в конечном счете, упрочили его безопасность. Страбон пишет о превращении ее в культурный центр Галлии, «школу воспитания варваров», сыгравший большую роль в создании галло-римской культуры (Strabo, II, 5, 5).
Успехи Цезаря были омрачены двумя поражениями его легатов. Цезарианцы попытались создать плацдарм в Иллирии, куда были посланы эскадра Долабеллы из 40 кораблей (Арр. В. С, II, 40) и 15 когорт Гая Антония. Помпеянский флот (эскадры М. Октавия и Л. СкрибонияЛибона) изгнали корабли Долабеллы, а армия Гая Антония, блокированная на о. Курикта, была вынуждена сдаться (Dio, 41, 40; Liv. Epit, 110; Flor, 2, 31; Арр. В. С, II, 47). Из-за отсутствия рассказа Цезаря подробности кампании не известны.
Еще более серьезной проблемой стала Африка. План удара по Африке существовал еще во время наступления в Сицилии (Caes. В. С, I, 30), хотя, как показали дальнейшие события, цезарианское командование недооценило опасность этого театра военных действий. Не исключено, что известный расчет строился на относительной лояльности наместника Кв. Элия Туберона (Caes. В. С, I, 31) и невмешательстве Юбы. Оба расчета не оправдались, власть и провинции оказались в руках Аттия Вара, а Юба активно вмешался в ход событий (I, 31; II, 23).