В 1936 г. в связи с общим развитием палеонтологии позвоночных и открытием новых, подчас малообъяснимых форм И. А. Ефремов возвращается к закономерностям захоронения древнейших четвероногих. Оценивая роль этих закономерностей в объяснении строения, специализации и тем самым в выявлении взаимосвязей животных в родственных группах, он дает первое определение новому научному направлению. "За последние годы, — указывает И. А. Ефремов, — намечается еще один путь изучения палеозойских четвероногих, долженствующий служить корректирующим методом при филогенетических построениях и экологии — учение о захоронении" [16, с. 108].
Как видно из определения, основные положения учения о захоронении связаны с исследованием палеозойских (точнее, пермских и триасовых) четвероногих и ограничены уточнением филогенетических, родственных связей и экологии древнейших наземных позвоночных. Иначе говоря, в этом определении еще нет названия «тафономия», и оно не охватывает всего содержания нового направления. Вместе с тем, здесь намечена взаимосвязь учения о захоронении со смежными, в частности геологическими, дисциплинами (учением о фациях, литологией), а также с экологией, взаимосвязь, которая позднее детализирована в "Тафономии".
Важно отметить, что в работе 1936 г. проведена четкая грань между захоронением остатков наземных позвоночных и захоронением морских организмов, составляющих предмет изучения палеоэкологии. Морские организмы захоронялись в областях постоянного накопления осадков. Поэтому прижизненное нахождение остатков в слое показывает, что они не принесены, а оставались в том месте, где эти животные жили и погибали. Следовательно, изучение условий образования породы восстанавливает условия внешней среды в месте обитания животных на отрезке времени, соответствующем образованию данного слоя. В этом И. А. Ефремов видел принципиальное отличие учения о захоронении от палеоэкологии.
Статья И. А. Ефремова "Тафономия — новая отрасль палеонтологии" [41], опубликованная в 1940 г., отмечает официальное становление научного направления и подводит первый итог тафономическим представлениям ученого. В общем развитии палеонтологии он находит слабое место в неполноте и отрывочности материала, которое вместе с неполнотой геологической летописи влияет на точность теоретических построений в палеонтологии. Поэтому установление родственных связей для вымерших позвоночных и общих закономерностей на базе ископаемых материалов нередко приводило к ошибочному заключению: материалы рассматривались как истинное отражение масштабов жизни прошлых эпох. Перед палеонтологией возникала необходимость иного подхода к окаменелостям, который позволил бы сделать переоценку роли палеонтологических документов с поправкой для более точного отражения реально существовавшего животного мира прошлого. Кроме изучения окаменелостей, к этому можно было идти и через изучение условий захоронения наземных позвоночных и сравнение особенностей местонахождений. На этом пути, как отмечал И. А. Ефремов, возникли биостратономия и актуопалеонтология. Первая изучает распределение органических остатков в осадках, вторая — захоронение остатков в современных условиях.
Для сравнительного изучения процессов захоронения ископаемых позвоночных следовало обратиться к актуопалеоптологии и в первую очередь к данным об условиях захоронения современных организмов, включающим три основных момента.
1. Закономерности распределения и захоронения остатков современных животных в осадках, образующихся в настоящее время. Сюда относятся биостратономия современных осадков, гидродинамическое распределение животных остатков в наносах, закономерности сохранения и уничтожения остатков в процессе захоронения, причины концентрации и рассеяния остатков в процессе осадконакопления и т. д.
2. Установление общих закономерностей в соотношении площадей обитания наземной фауны и областей континентального осадконакопления с районами образования местонахождений. Определение долговечности существования различных типов континентальных осадков. Последнее, как подчеркивал И. А. Ефремов, имеет особое значение для редких в ископаемом состоянии отложений склонов, горных речек, речных террас и т. д. Установление соотношений современных осадков с площадями сноса на поверхности материков для сравнения с площадями на древних материках.
3. Биологические наблюдения над численностью наземной фауны, ее динамикой вообще и в отдельных биоценозах в частности. Определение количественных соотношений гибнущих особей, объяснение причин массовой гибели и концентрации трупов животных в условиях обитания, выявление закономерностей рассеяния и уничтожения остатков, установление отношений между количеством гибнущих животных и количеством, попадающим в захоронение. Выяснение устойчивости отдельных биоценозов во времени, обнаружение преобладающих адаптации животных в области сноса и осадконакопления и т. д.