В середине октября было получено снаряжение для Уральской экспедиции и ученый вместе с сотрудниками на специальном самолете вылетел в Свердловск. В конце ноября И. А. Ефремов выехал в пос. Горный на экспедиционную базу. Их провожал академик А. Е. Ферсман, который осуществлял общее руководство экспедицией. Иван Антонович был научным консультантом экспедиции. До Горного ученый добирался на полуторке полтора месяца.
1942 г. принес новые испытания. И. А. Ефремов заболел. В те дни Р. Ф. Геккер писал директору Палеонтологического института академику А. А. Борисяку, который в то время находился в эвакуации в Боровом, Казахской ССР: «Свердловск, 30/III-1942. Очень хорошо, что Вы заговорили о вагоне (речь шла о переезде сотрудников в Алма-Ату. — П. Ч.). Иначе ехать нельзя: Иван Антонович лежит; будем надеяться, что все обойдется благополучно. Сыпной тиф, им самим определенный, врач сегодня отрицает. Диагноза не ставит. Налицо высокая до 39,8-40° не спадающая почти температура в течение нескольких дней. Лежит пластом в каморке».
Некоторое время ученый провел в Алма-Ате; у него повторился приступ тяжелой формы лихорадки, подхваченной в экспедициях по Средней Азии. Во время болезни он начал писать свои первые рассказы. В начале 1943 г. ученый переехал во Фрунзе, где находился костяк Палеонтологического института и действовала библиотека Биологического отделения АН СССР. Палеонтологический институт размещался в здании Киргизского пединститута. Там, в тамбуре между дверями гимнастического зала, И. А. Ефремов закончил рукопись «Тафономии». Во Фрунзе на заседании научного семинара он сделал доклад 6 методике тафономических исследований.
Поздней осенью 1943 г. И. А. Ефремов вместе с институтом возвратился в Москву. Начались хлопоты с музеем. Ученый руководил подготовкой экспозиции, приуроченной к 220-летнему юбилею Академии наук СССР, состоявшемуся летом 1945 г. Участник юбилейной сессии, один из крупнейших палеонтологов мира, почетный член Академии наук СССР английский профессор Д. М. С. Уотсон так отозвался об этой работе коллектива музея: «Тридцать четыре года назад, — писал он, — я прочитал описание дейтерозавра и ропалодона у профессора Сили [сноска]. В тот год я впервые посетил Южную Африку и начал понимать дейноцефалов. Ныне я впервые имел великую привилегию воочию увидеть не только старые образцы, но также и новые великолепные материалы по титанофонеусу и улемозавру. Они — настоящие откровения, самые прекрасные и самые важные и новые остатки рептилий в мире. В самом деле, новейшие открытия этого института начинают новую эру исследований по древнейшим четвероногим, и мы можем ждать от СССР быстрого развития наших познаний в этой области. Я уверенно жду этого, так как ни в одном из музеев мира я не встречал подобной группы людей, так хорошо подготовленных, чтобы двигать вперед наши познания, и нигде не встречал такого внимания и не научился столь многому за такое короткое время» [129, с.42]. Столь высокая оценка отечественных палеонтологов и собранной ими коллекции мировой научной ценности во многом имела отношение к деятельности И. А. Ефремова; он уже тогда собрал воедино остатки позвоночных из старых медных рудников, раскопал и описал новых наземных позвоночных из Поволжья и Южного Приуралья. Спустя два года Уотсон еще раз выразил восхищение великолепными советскими коллекциями по древнейшим позвоночным. В английской газете «Британский союзник», издававшейся в СССР на русском языке, он поместил статью, проиллюстрировал ее рисунками А. П. Быстрова, которые изображали хищных дейноцефалов, описанных Ефремовым по находкам в Ишееве. Прослеживая историю выдающихся палеонтологических открытий, Уотсон рассматривает в числе их известные и вновь открытые формы древнейших фаун Европейской России, заполняющих эволюционный пробел между пермскими фаунами Северной Америки и Южной Африки. По мнению Уотсона, в достижениях русской палеонтологии есть немалая заслуга советских ученых, и в частности И. А. Ефремова.
В первый послевоенный год в Палеонтологическом институте вплотную встал вопрос об организации экспедиции в Монгольскую Народную Республику. Впервые мысль о проведении крупных азиатских экспедиций возникала в 1932 г. после исследования динозавровых местонахождений Средней Азии. В следующем году уже планировалось направить в район Урумчи Джунгарскую экспедицию для сбора материалов и детального изучения «динозаврового горизонта». На 1934 г. намечалась экспедиция в МНР по местам работ сотрудников Американского музея естественной истории. К идее азиатских экспедиций И. А. Ефремов вместе с академиком А. А. Борисяком и профессором Ю. А. Орловым возвращались в 1940 и начале 1941 г. Но война спутала все карты.
