По мере проникновения в палеонтологию тафономия благодаря своей первичной направленности воспринималась как частное направление, приложимое в основном к континентальным отложениям с местонахождениями вымерших организмов. Тем самым в какой-то мере бессознательно она была «узурпирована» палеонтологами и биостратиграфами, которые оценивают хронологическую последовательность напластований палеонтологическим методом. Позднее, в связи с переоценкой роли пауки в эпоху НТР, неизбежно встал вопрос о возможном практическом значении тафономии, помимо ее узкой направленности на изучение геологической летописи. Сам И. А. Ефремов упоминал, что она может оказаться практически нужной и ее методы применимы к поискам полезных ископаемых. Действительно, все, что сохраняется в геологической летописи, в равной мере является ее документами: это — кусок каменного угля, который сам является окаменелостью, и ракушка на пляже Черного моря, и скелет динозавра, и мамонтенок из вечной мерзлоты Магадана, и крупинка золота или кристаллик алмаза из россыпей. Поэтому тафономия прежде всего приложима к изучению полезных ископаемых так называемого осадочного происхождения, для которых в отличие от тафономии применяется термин «месторождение». Сюда входят не только уголь, горючие сланцы, торф, но и некоторые железные руды, россыпные месторождения золота, алмазов, драгоценных камней и т. д. В ряде случаев методы изучения месторождений-местонахождений во многом совпадают и тафономия может вносить ценные поправки как в поиски, так и в разработку полезных ископаемых. В обоих случаях здесь исследуются так называемые вмещающие отложения, их пространственные размеры, специфика, концентрация и распределение (полезного ископаемого и окаменелостей), качественная характеристика, запасы и т. д. Однако за всей этой общностью стоят различия методов и конечных целей. Они уводят, с одной стороны, в палеонтологию с ее тафономическим подходом к изучению прошлого, с другой — в столь же специальные дисциплины, такие, как геология осадочных полезных ископаемых (геология углей, горючих сланцев, россыпных месторождений и т. д.), где дифференциация ведет ко многим самостоятельным направлениям, в которых контуры тафономии перекрываются практикой. Отчасти поэтому, «Тафономия», опубликованная давно и малым тиражом, не пробила дорогу в те направления прикладной геологии, где она может быть использована.
И. А. Ефремов многие годы возглавлял исследования по древнейшим позвоночным, и тафономическое направление нашло отражение в работах его учеников и последователей: Б. П. Вьюшкова, Г. И. Блома, В. Г. Очева, В. П. Твердохлебова, А. К. Рождественского, М. А. Шишкина, П. К. Чудинова и других палеонтологов. Только по пермским и триасовым отложениям зарегистрировано около тысячи костеносных точек и местонахождений. Эти данные частично обобщены в каталогах Г. И. Блома, В. Г. Очева и И. А. Гаряинова, Г. И. Твердохлебовой или приведены в работах других исследователей.
С позиций основных положений тафономии накопление комплексных данных и разработка классификации местонахождений позволят подойти к оценке их перспективности и практическому прогнозированию в направленных поисках. Это подразумевает не только выявление бедности или богатства местонахождений, но и оценку "палеонтологических запасов", выяснение реальных соотношений систематических категорий в фаунистических комплексах вплоть до учета редких экзотических и реликтовых форм. Те и другие, как показывает практика, составляют обычно доли процента от преобладающих животных захоронения. Отсюда очевидно, что редкие формы, представляющие подчас наибольший интерес для палеонтологии и тафономического анализа, могут быть открыты только детальными раскопками, выявляющими картину наибольшего разнообразия животных. Также очевиден и существенный недостаток — обычная неполнота раскопок и явная малочисленность опорных по своей изученности местонахождений. При этом теряется основа для получения сравнительных тафономических данных и в малочисленности форм выпадает знание начальных или конечных этапов развития групп, иногда особенно важных для филогении и стратиграфии. Вместе с тем мнимое выпадение малочисленных форм искажает представление о составе фауны, разнообразии наземных адаптаций и условиях среды. В этом направлении многое уже сделано и накоплен опыт. Сегодня специалист, достаточно знакомый с тафономией, по характеру пород в обнажении, по органическим остаткам обычно составляет априорное верное суждение о перспективности местонахождения, которое подтверждается после раскопок. Тем самым с накоплением новых материалов тафономия вносит все больший элемент точности в изучение местонахождений и уводит палеонтологию от "кладоискательства и охоты за ископаемыми" к планомерным палеонтологическим исследованиям.
