1891 г. Опубликовал книгу «Физическая геология. Ч. I». Преподаватель физической географии на Высших женских курсах (до 1902 г.).
1892 г. Гидрогеологические исследования в верховьях бассейна р. Дона.
Опубликовал учебник «Минералогия».
1893 г. Опубликовал «Каталог землетрясений Российской империи» (совместно с А. П. Орловым). Избран почетным членом Венского географического общества. Награжден Макариевской премией Академии наук за сочинение «Физическая геология».
1894 г. Геологические исследования в Астраханской губернии. Изучение соленых озер Крыма. Кавказских минеральных вод.
1895 г. Исследование геологии Главного Кавказского хребта в бассейнах рек Теберды и Чхалты.
1896 г. Член Совета Горного института. Ординарный профессор Горного института по кафедре геологии, геогнозии и рудных месторождений (до 1902 г.).
1897 г. Участвовал в VII Международном геологическом конгрессе в Петербурге. Избран членом Суда чести Союза взаимопомощи русских писателей.
1898 г. Участвовал в Комиссии по исследованию золотопромышленности в России. Избран почетным членом Норвежского Королевского общества.
1899 г. Изучал оползни в районе г. Одессы. Опубликовал книгу «Физическая геология. Т. 1» (2-е издание).
1899—1900 гг. Руководил геологическими изысканиями по трассе Кругобайкальской железной дороги.
1900 г. Командирован на Кавказ для изучения последствий Ахалкалахского землетрясения 19 декабря 1899 г. Участвовал в VIII Международном геологическом конгрессе в Париже.
1902 г. 10 января скончался в Петербурге.
{1 Звездочкой Отмечены работы, опубликованные в кн.: Собрание сочинений И. В. Мушкетова. СПб., 1910, вып. 1.}
Волынит. — Зап. Минерал, о-ва, ч. 7, с. 320—329.*
Успенский золотой рудник Новикова в Южном Урале. — Зап. Минерал, о-ва, ч. 8, с. 43—48.*
О горной породе волынит. — Там же. Проток., с. 138.
Минералогическая коллекция Уральского о-ва любителей естествознания. — Зап. Уральск, о-ва любителей естествозн., т. 1, вып. 2, с. 115-116.
О минералогической классификации Дана. — Там же, с. 116 — 133.*
0 некоторых месторождениях золота в России. Из отчета о практических занятиях. — Горн, журн., т. I, с. 83—89. *
Краткий отчет о геологическом путешествии по Туркестану в 1875 г. СПб. 124 с.*
О вулканизме Средней Азии. — Там же, с. 266 — 267.*
Новейшие послетретичные отложения в Тянь-Шане. — Там же, с. 269.*
О месторождениях медных и свинцово-серебряных руд в Туркестанском крае. — Туркестанск. ведомости, № 25, с. 98—99; № 26, с. 101-102.*
О месторождениях железных руд, марганцевых и мышьякового колчедана в Туркестанском крае. — Туркестанск. ведомости, № 40.*
О месторождениях золота и других полезных ископаемых в Туркестанском крае. Ташкент. 35 с.
То же. — Туркестанск. ведомости, №' 51. (Продолж. см. — там же, 1878, №№6, 7).
Материалы для изучения геогностического строения и рудных богатств Златоустовского горного округа в Южном Урале. — Горн, журн., т. 3, № 8—9, с. 231—332; т. 4, № 10, с. 51 — 102.
Орографический характер Северного Тянь-Шаня. — Изв. рус. геогр. о-ва, т. 12, с. 222—243.*
Поездка на частные золотые прииски и краткий очерк жильных месторождений золота Качкарской системы. — Горн, журн., т. 4, с. 184-201.*
Le volcans de l’Asie Centrale. — Bill. Acad. Sci. St.-Petersb., T. 23, p. 70-79.*
Краткий отчет о геологическом путешествии по Туркестану в 1875 г. — Зап. Минерал, о-ва, ч. 12, с. 117—256.
Геологические исследования в Северном Тянь-Шане и районе Кульджи. — Там же. Проток., с. 257—258.*
Геологические исследования в Южном Урале. — Там же, с. 280.
Материалы для изучения геогностического строения и рудных богатств Златоустовского горного округа в Южном Урале. СПб. 231 с. (Сюда же включена статья «Поездки на частные прииски и краткий отчет жильных месторождений Качкарской системы» и «Приложение для защиты диссертации»).
То же. — Зап. Минер, о-ва, ч. 13, с. 9—242. (Сюда же включена статья «Поездки на частные золотые прииски и краткий отчет жильных месторождений Качкарской системы»).
Геогностическое строение и рудные богатства Златоустовского горного округа. — Там же. Проток., с. 423—424.
Le volcans de l’Asia Centrale. — Melanges phys. et chim., T. 10, вып. 1—2, c. 49—61.
Поездка на Памир и Алтай в 1877 г. — Изв. Рус. геогр. о-ва, т. 14. Проток., с. 82 — 84.*
Геологическая экспедиция на Алтай и к оз. Чатыр-Куль. — Изв. Рус. геогр. о-ва, т. 14, с. 392—394.
То же. — В кн.: Отчет Рус. геогр. о-ва за 1878 г. СПб. с. 37—40.*
Арало-каспийские осадки, обнаруженные к востоку от Аральского моря. — Изв. Рус. геогр. о-ва, т. 15, с. 67.*
О геологической экспедиции на Алтай и к оз. Чатыр-Куль в 1878 г. — Зап. Минер, о-ва, ч. 14. Проток., с. 256—257.*
То же. — Тр. С.-Петерб. о-ва естествоисп., т. 10, с. 29 — 30.*
Краткий очерк геологического путешествия на Алтай и к оз. Чатыр-Куль летом 1878 г. — Горн, журн., т. I, с. 138—146.*
Геологическая экспедиция на Зеравшанский ледник — Туркестанск. ведомости, № 34. (Совместно с Д. Л. Ивановым).*
