В 1887 г. сочинение «Туркестан» было удостоено полной премии митрополита московского Макария, присуждаемой Академией наук каждые два года. В 1887 г. на две полные (по 1500 руб.) и три неполные (по 1000 руб.) премии в Академию наук было представлено 17 научных работ. Для их рассмотрения была выбрана комиссия во главе с академиком К. С. Веселовским, избравшая рецензентом сочинения «Туркестан» А. П. Карпинского, который в своей рецензии оттенил те новые научные достижения, что, по его мнению, представляли наибольший интерес (выделение в материке Азии двух частей — Периферической и Внутренней, или Средней Азии; исторический обзор исследований Туркестана - с древнейших времен по 1884 г.; основные черты геологии и палеогеографии Туранского бассейна и др.). Заканчивая рецензию, А. П. Карпинский писал: «Энергия и обширность познаний автора дали ему возможность в течение сравнительно короткого времени не только дать ясное общее представление о геологическом строении малоизвестной области, но и обстоятельно разъяснить многочисленные детали этого строения. . . Поэтому я имею честь предложить почтить сочинение г. Мушкетова премиею, на соискание которой оно автором было представлено».{9} Мнение А. П. Карпинского было поддержано всеми другими членами Комиссии.
Все последующие годы, вплоть до кончины, И. В. Мушкетов работал над подготовкой к печати остальных, притом наиболее интересных материалов своих путешествий по Тянь-Шаню. Но постоянная занятость другими срочными делами, поступление нового материала при значительном сокращении ассигнований на издания затягивали завершение этой работы. В 1892 г., когда у И. В. Мушкетова на издание осталось всего 2500 руб., он обратился с письмом к генерал-губернатору Туркестана А. Б. Вревскому: «Убедясь в полной невозможности издать на эту сумму два тома, я решился сократить многие карты и рисунки, а текст уменьшить до одного тома. . . Для полного издания всех имеющихся у меня материалов необходимо не менее 8000 руб., т. е. требуется прибавки 5500 руб., которые я не осмеливаюсь просить, хотя и уверен, что расход этот с лихвой окупился бы для казны. Мой первый том, несмотря на то что большей частью (больше половины) был роздан даром. . ., почти окупил свое издание. С этой точки зрения для казны полное издание было бы выгоднее, нежели сокращенное, в которое не могут войти все материалы. . . Прошу разрешить мне выдачу хотя бы только 1000 руб. для окончания сокращенного издания моего труда ,,Туркестан“. В случае согласия. . . я надеюсь напечатать и выпустить в свет второй и последний том „Туркестан" не позже 1894 г.».{10}
Горный инженер Д. К. Мышенков, бывший в то время чиновником особых поручений по горной части при генерал-губернаторе, поддерживал ходатайство И. В. Мушкетова, указывая в своем рапорте А. Б. Вревскому о наличии свободных денег от геологического кредита в сумме около 2 тыс. руб., но были ли переведены деньги И. В. Мушкетову, запрашиваемые им на издание «Туркестан», неизвестно — документов не обнаружено. В годовом отчете Геологического комитета за 1892 г. указано, что И. В. Мушкетов в том году подготовил к печати и второй том «Туркестана», но при его жизни он в свет не вышел. Более того, рукопись этого тома сгорела во время пожара в типографии, где находилась на хранении.
