А. П. Карпинский в своем отзыве писал: «Сочинение И. В. Мушкетова „Физическая геология". . . успело обратить на себя общее внимание и вызвало целый ряд рецензий на русском и иностранном языках, по достоинству оценивших этот труд. Действительно, рассматриваемое сочинение представляет весьма объемистый трактат по динамической геологин, к которому приближаются лишь весьма немногие из подобных произведений заграничных ученых и с которым не сравнится ни одно из принадлежащих русским авторам. . . Конечно, в сочинении такого объемистого характера, как „Физическая геология" Мушкетова. . . значительная часть фактического материала и взглядов принадлежит различным ученым; но книга Мушкетова содержит в себе и много вполне самостоятельного, причем изложены выводы и материалы, добытые личными исследованиями автора. Следует заметить также, что немалая часть. . . данных нигде еще не была опубликована. Обилие сведений по динамическим явлениям в России с выгодою отличает труд Мушкетова от наиболее подробных трактов подобного характера заграничных авторов, и если бы это сочинение сделалось доступным (например, путем перевода) иностранным геологам, то, вероятно, заняло бы у них место среди необходимых настольных книг. Особенно удачными и обстоятельными следует признать части о землетрясениях, о вулканических явлениях, о дислокациях, пластике, геоиде и др. Подобное полное их изложение, соответствующее состоянию науки в данное время, появляется в русской литературе, можно сказать, впервые. . .».{7}
По оценке Е. С. Федорова, «Физическая геология» И. В. Мушкетова «. . .есть вклад в учебную литературу, не только не имевший себе равных в нашей сравнительно бедной литературе, но едва ли оно не превзошло по полноте и основательности все, что выходило в этой области в европейской литературе вообще. Можно сказать, что одно это руководство стяжало бы его имени громкую славу, если бы с ним не было связано ничего другого».{8}
«Физическая геология», быстро завоевав популярность, надолго легла в основу преподавания этой дисциплины в различных высших учебных заведениях России (Горного института, Института инженеров путей сообщения, Сельскохозяйственного института, ряда университетов и др.). Е. С. Федоров, например, заняв кафедру геологии в Сельскохозяйственном институте (под Москвой), писал весной 1896 г. И. В. Мушкетову:
Обстоятельность изложения и высокий уровень теоретических положений этого курса во многом предопределяли хорошую подготовку студентов по геологии и несомненно способствовали общему подъему геологических знаний в России.
В Институте инженеров путей сообщения И. В. Мушкетов с 1884 г. постоянно ведет общую геологию, минералогию и петрографию и по двум последним дисциплинам создает здесь руководства (1890 г.) . Краткий курс петрографии, опубликованный И. В. Мушкетовым в 1890 г., был первым специальным руководством по этой науке в отечественной литературе, пользовался большой популярностью и неоднократно переиздавался (1893, 1895 и 1904 гг.). Учитывая потребности инженеров-путейцев при изыскании и строительстве железных дорог и других сооружений, И. В. Мушкетов привел в нем сведения о качестве горных пород как строительных материалов и оснований фундаментов, а также о способах испытания горных пород.
Всегда заинтересованный в глубоком усвоении студентами его предмета, И. В. Мушкетов всячески способствовал этому. Примером тому его рапорт директору Института инженеров путей сообщения М. Н. Герсеванову от 8 марта 1892 г.