В это тяжелое для Института время заболел инспектор Г. Г. Лебедев и его обязанности согласился принять на себя И. В. Мушкетов, прилагавший все усилия к защите студентов, арестованных 4 марта. «. . .Он разъезжал целые дни, успокаивал и утешал одних, убеждая других, засиживаясь затем до глубокой ночи в совещаниях с другими профессорами, — писал В. А. Обручев,{8} — старался найти исход, предотвратить дальнейшие бедствия, проводя бессонные ночи в волнениях и думах о судьбе молодежи. . . с редким тактом, вытекавшим из его доброго сердца и его знания молодежи, он так сумел поставить себя относительно студентов и относительно товарищей-профессоров, и относительно начальства, что все обращались к нему за советом и посредничеством. . .». В основном благодаря заступничеству И. В. Мушкетова удалось добиться от полиции разрешения на восстановление в Институте 25 студентов, но 14 все же были исключены (В. Н. Зверев, С. Ф. Малявкин, В. В. Катульский и др.). И. В. Мушкетов не оставлял их своими заботами (подыскивал работу, хлопотал о восстановлении и др.).
В рассматриваемый период (1896 — 1902 гг.), буквально до последних дней жизни, несмотря на большую загруженность преподаванием в нескольких учебных заведениях, И. В. Мушкетов, как и ранее, вел активную и разнообразную общественную деятельность. В Географическом обществе он по-прежнему являлся членом Совета Общества, председателем Отделения Физической географии, членом Редакционного Совета и, как правило, присутствовал на всех их заседаниях (всего в течение года до 25—30 заседаний). На объединенных заседаниях отделений географии физической и географии математической в эти годы с докладами выступали С. О. Макаров, Э. В. Толь, A. А. Тилло, Ю. М. Шокальский, В. И. Липский, А. П. Герасимов и др.
Активно содействовал И. В. Мушкетов организации многих географических экспедиций: В. И. Липского — в Западный Тянь-Шань (1896, 1897, 1899 гг.), Н. В. Поггенполя — на Кавказ (1896, 1898 гг.), Э. Э. Аннерта и B. Л. Комарова — в Манчжурию (1896, 1897 гг.), Е. В. Зверинцева — на север Европейской России (1897 г.), Ю. М. Шокальского — на Ладожское озеро (1897 г.), С. А. Советова — на Онежское озеро (1897 г.), Б. П. Риппаса — на Кольский полуостров (1898 г.), Н. А. Буша — в Кубанскую область (1899 г.), В. И. Масальского — в Закаспийскую область (1899 г.) и др.
Участвовал в эти годы И. В. Мушкетов и в работе различных комиссий Общества, как ранее образованных (Сейсмической, Ледниковой и др.), так и вновь возникавших, например в 1896 г. — по наблюдению полного солнечного затмения (председатель А. А. Тилло); в 1897 г. — по изучению ледяного покрова Северного Ледовитого океана в летнее время (председатель С. О. Макаров); по проведению геологических и топографических исследований на Кольском полуострове (председатель И. В. Мушкетов) ; в 1900 г. — по составлению инструкции для обследования побережья Охотского моря (председатель И. В. Мушкетов) и ряда других. Неоднократно докладывал он в Обществе о работе Международной ледниковой комиссии, в которую был избран в 1895 г. и куда регулярно посылал материалы об исследованиях ледников в России. В 1897 г. 20 августа в Петербурге в помещении Географического общества состоялось заседание Международной ледниковой комиссии под председательством Ф. А. Фореля. На этом заседании на последующее трехлетие председателем Комиссии был избран Э. Рихтер (Австрия), членом Комиссии от России — вновь Й. В. Мушкетов.
