В 1894—1902 гг. И. В. Мушкетов был членом Совета Петербургской биологической лаборатории, основанной П. Ф. Лесгафтом на средства И. М. Сибирякова. В августе 1893 г. И. М. Сибиряков с этой целью перевел в Государственный банк 200 000 руб. и пожертвовал дом в Петербурге (ул. Бассейная, д. 43) стоимостью 150 000 руб. П. Ф. Лесгафт на эти средства предполагал организовать Естественно-исторический музей и сразу же начал выписывать из Парижа, Праги и других городов различные экспонаты (скелеты позвоночных животных, препараты беспозвоночных животных и др.). Дважды представляемый на утверждение властям проект устава этого музея отклонялся, и лишь 19 октября 1894 г. было разрешено организовать Биологическую лабораторию, состоящую в ведении Министерства народного просвещения на одинаковых правах с другими учебными заведениями. И. В. Мушкетов много помогал П. Ф. Лесгафту в получении разрешения на открытие Лаборатории. В соответствии с уставом, утвержденным 4 ноября 1894 г., Лаборатория имела целью «содействовать распространению сведений по естествознанию путем предоставления лицам, получившим высшее медицинское или естественно-историческое образование, возможность безвозмездно заниматься практическими биологическими науками под руководством опытных лиц». Первым директором Лаборатории пожизненно являлся ее учредитель — П. Ф. Лесгафт. По его представлению был издан и утвержден 30 декабря 1894 г. Министром народного просвещения первый состав Совета Лаборатории, куда вошли П. Ф. Лесгафт (председатель), К. К. Гильзен (секретарь), И. В. Мушкетов, А. А. Красуская, К. А. Красуский, А. О. Ковалевский, П. П. Фондар-Флит, Ф. И. Чентукова (казначей). Совет осуществлял общее руководство научной деятельностью и контролировал расходование средств Лаборатории. В течение года проходило обычно 7—8 заседаний Совета, и на большинстве из них присутствовал И. В. Мушкетов, который неоднократно производил и ревизию деятельности Лаборатории по поручению Совета. Состав Совета в течение 1895—1902 гг. значительно менялся (покинули Лабораторию, например, А. О. Ковалевский, К. А. Красуский и др.), но И. В. Мушкетов все эти годы оставался его членом, неизменно поддерживая все начинания П. Ф. Лесгафта. В 1900 г. в Лаборатории имелось уже 7 кабинетов: физический, химический, зоологический, ботанический, бактериологический, физиологический, геологический, а также музей и библиотека. Геологическим кабинетом заведовал И. В. Мушкетов, ботаническим — В. Л. Комаров (впоследствии академик АН СССР), бактериологическим — Б. Л. Исаченко (впоследствии академик АН СССР). В 1896 — 1901 гг. в Лаборатории постоянно занималось 18—22 человека, в том числе профессор Горного института Н. Н. Яковлев, который в Музее Лаборатории изучал позвоночных, беспозвоночных и простейших животных. Музей Лаборатории посещали студенты Горного института с проф. Н. Н. Яковлевым при прохождении курса палеонтологии. Кроме того, в Музее занимались и слушательницы Курсов воспитательниц и руководительниц физического образования. На этих курсах И. В. Мушкетов также читал лекции по физической географии.
В 90-е годы И. В. Мушкетов был членом Литературного фонда — так неофициально называлось Общество для пособия нуждающимся литераторам и ученым, основанное в Петербурге в 1859 г. и начиная с 1875 г. выдававшее им бессрочные ссуды. В 1889 г. при Литературном фонде была основана касса взаимопомощи литераторов и ученых.
В Петербурге существовало еще Русское литературное общество, образованное в 1886 г., на заседаниях которого заслушивались и обсуждались художественные и литературно-критические произведения его членов. В 1897 г. в январе при Русском литературном обществе был основан Союз взаимопомощи русских писателей (или, как его обычно называли, Союз писателей), в задачи которого в основном входило посредничество между авторами и переводчиками, с одной стороны, издателями, редакторами, правительственными и общественными учреждениями — с другой, а также посредничество и рассмотрение личных конфликтов как между членами Союза, так и между ними и другими лицами. Для рассмотрения личных споров и недоразумений при Союзе писателей был создан Суд чести, в который были избраны наиболее авторитетные и высоконравственные общественные деятели, и в частности К. К. Арсеньев, Н. Ф. Анненский, А. Н. Бекетов, Н. Н. Бекетов, Н. И. Кареев, В. Г. Короленко, В. А. Манассеин, И. В. Мушкетов, Л. Ф. Пантелеев, Г. Н. Потанин, Вл. С. Соловьев, В. Д. Спасович.
И. В. Мушкетов участвовал, например, в рассмотрении дела по обвинению издателя газеты «Самарский вестник» А. И. Костерина и заведующего ее редакцией А. А. Дробыш-Дробышевского{4} в расплате с сотрудниками якобы не деньгами, а натурой (продуктами и др.), в некорректном к ним отношении и несвоевременной уплате гонораров.
