После восстановления в кадрах РККА Г. А. Ворожейкин был назначен начальником 3-го отдела Управления боевой подготовки ВВС Красной Армии. В этой должности он работал до начала сентября 1940 г., когда был назначен начальником Ленинградских авиационно-технических курсов усовершенствования начсостава ВВС Красной Армии имени К. Е. Ворошилова. Всего несколько месяцев возглавлял эти курсы Григорий Алексеевич, но и за это время он успел сделать достаточно много. О чем и говорится в аттестации на него по состоянию на ноябрь 1940 г.:
«Партии Ленина-Сталина и Социалистической Родине предан. Морально устойчив и политически выдержан. Обладает деловым и политическим авторитетом. Общеобразовательная и военная подготовка хорошая, имеет большой практический и служебный опыт.
Участник гражданской войны. За боевые заслуги награжден орденом Красного Знамени и юбилейной медалью “20 лет РККА”. Прошел путь от начальника связи полка до командира дивизии.
Окончил оперативный факультет Военно-воздушной академии имени Жуковского в 1934 году, после чего командовал тяжелой авиабригадой. Авиабригада под его командованием на инспекторском смотре получила вполне удовлетворительную оценку.
Лично дисциплинирован. Энергичен, решителен. Вспыльчив. Требователен к себе и подчиненным. Состояние здоровья хорошее.
Командует Ленинградскими авиационно-техническими курсами усовершенствования с сентября 1940 года. Вузовскую работу осваивает быстро. Умело нацеливает подчиненных.
ВЫВОД: Достоин присвоения военного звания “генерал-майор авиации”.
Однако просимое воинское звание «генерал-майор авиации» Григорию Алексеевичу, будет присвоено только в конце июля 1941 г. И как бы в порядке компенсации за такую задержку первого генеральского звания второе – «генерал-лейтенант авиации» – он получит через три месяца после первого (29 октября 1941 г.).
С января 1941 г. Г. А. Ворожейкин – командующий ВВС Приволжского военного округа. В этой должности он и встретил Великую Отечественную войну, Но долго в тылу ему быть не пришлось – уже в августе 1941 г. он убыл на Резервный (Центральный) фронт, где вступил в исполнение обязанностей командующего ВВС. В том же месяце Григорий Алексеевич возглавил штаб ВВС Красной Армии, которым руководил до марта 1942 г.
С марта по май 1942 г. генерал-лейтенант авиации Г. А. Ворожейкин командовал авиагруппой № 2, после чего последовало назначение первым заместителем командующего и членом Военного совета ВВС Красной Армии. Его непосредственным начальником, т. е. командующим ВВС Красной Армии, был А. А. Новиков (с марта 1943 г. маршал авиации), вместе с которым Григорий Алексеевич рука об руку прошел всю войну. Александр Александрович Новиков глубоко уважал Г. А. Ворожейкина, что и нашло свое отражение в соответствующих служебных аттестациях.
