Сложившаяся еще в античной философии иерархия уровней бытия, нижней границей которой является абсолютное небытие, а верхней – бытиекак таковое, в философии средневековья сливается с иерархией добра и красоты. Бытие, таким образом, понимается как полнота реализации всех стремящихся к совершенству качеств, а небытие отождествляется со злом как полной лишенностью присутствия Бога. Такая онтологическая интерпретация зла служила основой для христианской теодицеи, в классическом варианте представленной Августином. Вместе с тем, античная триада «Единое – Ум – Душа», в которой бытием в строгом смысле слова являлась вторая ипостась (Ум), оказалась плохой формой для теологического содержания и провоцировала периодически возникавшие – как на Западе, так и на Востоке – богословско-философские конфликты. Мыслители, испытавшие влияние неоплатоннзма, тяготели к слиянию диалектики Единого и представлений о Боге (ср. Марий Викторин, «Ареопагитики», Эриугена, Экхарт), но возникавшее при этом разведение понятий бытия и Бога делало эти концепции не вполне ортодоксальными. Более приемлемым было отождествление бытия и Бога, первый вариант которого дал Филон. В онтологических построениях Григория Нисского, Ансельма Кентерберийского, Фомы Аквинского богооткровенное имя (Сущий) трактуется как бескачественный предикат, открывающий бытие, но не дающий познания его сущности. Однако и этот вариант теологического истолкования категории бытия вызывал сомнения чрезмерным сближением умопостигаемого бытия со сверхразумным Богом. Францисканская оппозиция (Иоанн Дунс Скот, Оккам) стремится предельно отдалить разумную необходимость и божественный абсолют, с чем связаны такие концепции, как отождествление сущности и существования, повышение роли сверхразумной воли Бога, учение об «этости, haecceitas» предмета, не сливающейся с его эссенциальностью, «чтойностью, quiditas» (Иоанн Дунс Скот). В философии Николая Кузанского (в первую очередь, в учении о «бытии-возможности», possest) и Ф. Суареса вырабатывается итоговый компромиссный вариант связи категории бытия с основными онтологическими понятиями.
Новое время выдвинуло впервые проблему бытия в форме декартовского тезиса «мыслю, следовательно существую» (cogito, ergo sum). От самоочевидности мыслящего «я» Декарт переходит непосредственно к абсолютному бытию при помощи онтологического аргумента. Главным результатом «открытия» бытия оказывается онтологическая гарантия истины, обоснование возможности науки. Бытие, таким образом, является для Декарта и всей рационалистической традиций XVII в. точкой пересечения мыслимого и существующего, а потому его понятие обязательно имеет объективную значимость, т. е. имманентно содержит свой объект. На этом принципе построены системы Мальбранша и Спинозы, признает его и Лейбниц. В то же время эмпиризм XVII века не признает его ни в такой форме, ни в форме онтологического аргумента, придерживаясь толкования бытия как фактической данности.
Вместе с темой бытия как субстанции (в гносеологическом аспекте – как совпадения понятия и реальности) постепенно развивается тема критики и ограничения категории бытия, выявленная эволюцией и рационализма, и эмпиризма. Неопределимость бытия, отмеченная Паскалем, стремление сущности к бьтиюу Лейбница, граница между бытием и волей, проведенная Декартом и Мальбраншем, – все это свидетельствует о сужении сферы применения категории бытие при сохранении традиционного тождества бытия и умопостигаемости. Можно говорить об аналогичном сужении и в философии Беркли с ее тезисом: «быть, значит быть воспринимаемым» (esse est percipi), который позволил осуществить парадоксальный переход от последовательного эмпиризма к платонизму. Если у Беркли бьтие— это субстанциальный субъект и его идеальное содержание, то в философии Юма бытие утрачивает даже статус субъективной субстанциальной очевидности, чем отрицается картезианская интуиция cogito, открывшая в свое время ряд онтологических построений XVII в. Юм трактует различие между идеей и фактом как принципиальную несводимость одного к другому, как фундаментальную разнородность бытия и умопостигаемости.