Средства для распутывания этих отношений и связей дает анализ процедур и механизмов научно-исследовательской деятельности, отображаемых на этой блок-схеме в виде
Особое место в системе научного предмета занимают «проблемы» и «задачи»; они фиксируют
Кроме того, каждый научный предмет существует и изменяется в широком окружении других научных предметов: математики, общей методологии и философии
Системы, образующие наполнения всех блоков научного предмета, построены в соответствии с определенными категориями; можно сказать, что категории задают строение систем наполнения, а также управляют всеми мыслительными движениями внутри них и переходами от одних систем к другим в рамках общей структуры научного предмета. Поэтому всякое принципиальное изменение в способах фиксации и описания какого-либо объекта средствами науки означает вместе с тем изменение аппарата категорий, характеризующих наше мышление; и наоборот — смена основных категорий, определяющих уровень и способы нашего мышления, должна привести и приводит к перестройке наполнений всех блоков научного предмета.
Соответственно этому переход к новым категориям, адекватным такому объекту, каким является деятельность (в частности, к категориям системного подхода), должен привести к изменениям и перестройке всех традиционных типов структур и организованностей во всех блоках научного предмета — задать иную логическую структуру знаниям, моделям, онтологии, методикам (или методам) и даже проблемам и задачам.
Проследить эти изменения по всем блокам научного предмета, описывающего пусть даже какой-то один, обобщенный объект, — очень сложная и трудоемкая работа, никак не укладывающаяся в рамки одного исследования, каким бы объемным оно ни было. Поэтому обычно, когда проводят анализ какого-то определенного научного предмета или строят методологическую план-карту предстоящих научных исследований, ограничиваются наполнением одного лишь блока — блока онтологии, задающего общее представление той действительности, которая создается данной наукой и изучается в ней.[103]