Однако все понимали, что новое, хорошо подготовленное наступление англо-турецких войск всего лишь дело времени и неизбежно приведет к поражению Наполеона. И Наполеон бежал во Францию, где после брюмерского переворота стал первым консулом. Он оставил в Каире Клебера в расчете, что тот будет сдерживать противника. Силы сэра Сиднея Смита, разбившего Наполеона под Аккой, подошли к египетским границам вместе с турками, и Клебер, зная, что ему не выиграть сражения, подписал договор об эвакуации из страны (1800).
Как писал миролюбивый аль-Габарти, «подлые обитатели» Каира, ослепленные ненавистью к французам, оскорбляли их и издевались над ними. Французы приступили к эвакуации Каира, а в это время Мурад-бей и другие мамлюки, которые как шакалы бродили вокруг города после поражения под Эмбабой, в 1798 году появились на его окраинах и только ожидали ухода французов, чтобы снова занять город. Поджидали и турки, расположившиеся недалеко от Каира. В течение этих нескольких напряженных недель турки, мамлюки и французы следили за каждым шагом друг друга. А пока что египтяне вновь начали убивать французских солдат на улицах города.
Клеберу нелегко было покинуть Египет, так как у него не осталось судов. Считая, что французы просто тянут время, англичане расторгли подписанный с ними договор. Турки и мамлюки стягивали силы к древнему Гелиополису и делали вид, что готовы напасть на Каир. Клебер оказался в западне: в тылу находился враждебный город, вокруг стояли вражеские войска. Тогда он вышел из Каира и нанес быстрый сокрушительный удар туркам под Гелиополисом. После первой же атаки турецкие офицеры и солдаты бежали. Каирцы, услышавшие стрельбу, вооружились дуби нами. Отступавшие турки и мамлюки оказались в предместьях Каира, и горожане, сражавшиеся против французов, поняли, что им грозит новая опасность — со стороны турок. До сих пор ни один солдат — будь то из армии великих мамлюков или турок — не вступал в бой с французами. Это выпало на долю египтян. Им пришлось сражаться против дисциплинированной армии французов, и делали они это с воодушевлением и решимостью.
Хотя турки и мамлюки потерпели поражение, они были уверены, что французы уже более не способны на серьезное наступление, и поэтому заняли позиции на окраинах Каира. Туркам нужен был козел отпущения, чтобы отвлечь всеобщее внимание от их собственной трусости и неудач, и потому турецкий командующий приказал перерезать всех христиан. Турки знали, что народ настроен враждебно к тем христианам (хотя их было не так уж много), которые сотрудничали с французами. Однако банды, которым поручили избиение христиан, заодно уж брали под арест, убивали и калечили мусульман.
Туркам удалось даже захватить Эзбекие, но французы подвергли их артиллерийскому обстрелу из цитадели. Весь город теперь находился в состоянии гражданской войны, и фактически началось новое народное восстание против французов. Население обратилось за помощью к туркам и мамлюкам, но те отказались сражаться и продолжали укреплять свои позиции в городе. К этому времени народ почти полностью овладел улицами, и французские полки под командованием Клебера открыли по городу артиллерийский огонь из всех фортов, построенных по периметру Каира.
Осажденный город голодал. Шейхи опасались, что французы превратят Каир в руины, и попытались вести переговоры с Клебером. Но когда шейхи возвратились в город, жители осыпали их оскорблениями и срывали с них чалмы. Французы прибегли к новой тактике — они устроили серию поджогов, включая Булак. Каир упорно сопротивлялся. Случилось то, что было неизбежно в этой обстановке: французские войска снова вступили в город, прорвавшись через баррикады у Баб аль-Хадида. И снова первыми сдались турки и мамлюки, согласившись уйти из Каира. Клебер снабдил их верблюдами и деньгами, лишь бы они поторопились. Население хотело расправиться с трусливыми военачальниками турок Осман-беем и Насу, но им удалось забаррикадироваться в мечети. Под насмешливые и оскорбительные крики жителей турки и мамлюки покинули Каир.
Лишенное военной поддержки турок и мамлюков, безоружное население Каира не выдержало натиска французов, и, таким образом, второе восстание было подавлено. Оно длилось 37 дней. Пострадали почти все кварталы Каира, особенно Эзбекие и богатые здания вокруг озера ар-Ратли. Хотя французы думали только о том, как уйти из Каира и добраться до Франции, они все же силой овладели центральной частью города. Без согласия англичан они не могли выйти из города, но англичане не торопились. К этому времени французы и египтяне находились в атмосфере такой взаимной ненависти, что каждый день можно было ожидать нового взрыва.
