Мы уже обращали внимание на еще один, весьма существенный аспект при учреждении митрополичьей резиденции в Зальцбурге. Речь идет о миссионерстве среди язычников, которое Карл между тем рассматривал как одну из задач своего королевства, привлекавших его внимание к землям аваров и славян, граничивших с Баварией. Для решения главным образом этой задачи и предназначалась новая архиепископия, к которой с фланга примыкала Аквилея. Еще на обратном пути из Рима при переправе через реку По Арна перехватил королевский эмиссар, давший ему указание отправиться в земли южных славян, чтобы проповедовать там Евангелие. Но вначале Арн нанес визит королю и лишь потом, если верить более позднему источнику, отправился в свою миссионерскую область, где проповедовал, назначал священнослужителей и освящал храмы. Фактически же Арн, по-видимому, не вышел за рамки евангелнзации в духе Алкуина, то есть воздерживался от применения насилия. Чуть позже он предложил королю убежденного клирика по имени Теодорих в качестве епископа-миссионера специально для каринтанов и селившихся к западу от Дравы до ее впадения в Дунай. Новый префект Герольд отправил Теодориха в отведенную ему область Каринтию. Территория южнее Дравы осталась зоной влияния Аквилеи. О миссионерской деятельности среди аваров в треугольнике рек Раба — Дунай всякие сведения отсутствуют. Евангелизация этих регионов оказалась тесно связанной с продвижением баварских поселений и внутренней колонизацией. Этот процесс широко распространился лишь в конце IX века.
Назначение Арна епископом и архиепископом Зальцбургским можно считать примером успешной персональной политики короля, которая в немалой степени способствовала интеграции баварцев в государство франков.
В последние годы VIII столетия как в Риме, так и в Ахене вновь взволновала умы ересь адоптианства, считавшаяся уже преодоленной. Это учение все еще находило своих сторонников, и главным образом в лоне испанской церкви — ее бациллы заражали также верующих приграничных южногалльских епархий, угрожавших избавиться от влияния Рима.
При поддержке короля опровержением опасного лжеучения вновь занялся Алкуин. Он собирал свидетельства из Священного Писания и патристики, чтобы подготовить контраргументы, которые через Бенедикта Анианского, впоследствии влиятельного советника Людовика Благочестивого, распространял на юге; кроме того, он переписывался с епископом Феликсом, который наряду с архиепископом Толедо Элипандом оставался все еще авторитетным представителем этого христологического вероучения. Возражение еретически мыслящего епископа Уржельского, адресованное Карлу, вызвало гневную реакцию стойкого в своих убеждениях и проримски настроенного англосакса. Он просил дать ему время, чтобы выступить с обстоятельным возражением и окончательно разоблачить оппонента. Копии еретических посланий циркулировали также в резиденциях епископов Трира, Орлеана и Аквилеи, епископ которой Павлин как известный эксперт участвовал в богословском споре. Правда, на этом дело не закончилось.
Видимо, осенью 798 года (скорее всего в начале 799 года) по приказу короля, как выражается Алкуин, в Риме под председательством папы состоялся собор, который, «согласно многочисленным свидетельствам Евангелий и святых отцов», вновь осудил положения Феликса и его приспешников, а при злонамеренном упорствовании в ереси пригрозил анафемой, то есть отлучением от церкви. Но и в Ахене была назначена обширная дискуссия между Алкуином и Феликсом. Это лишний раз свидетельствовало том, что король франков наряду с распространением и попечением о Евангелии вовне своим долгом правителя считал поддержание чистоты Евангелий внутри. Коренному баварцу, архиепископу Лионскому Лейдраду, епархия которого больше других пострадала от ереси, вместе с епископом Нарбоннским и аббатом Анианским удалось пригласить на диспут строптивого Феликса, которому король пообещал, что тот получит возможность выступить, и заверил, что с ним ничего не случится.
