«План Барбаросса» предусматривал крупнейшее в истории наступление. Гитлер считал, что вермахт победит еще до начала зимы: «Достаточно стукнуть в дверь, и весь этот прогнивший дворец рассыплется.» Его войска продвигались со скоростью 50 миль в сутки, сметая все на своем пути даже быстрее, чем во время блицкрига в Западной Европе. Перед Советским Союзом стояла и угроза одновременного нападения Японии на Востоке. Зорге доносил из Токио, что Риббентроп требовал от германского посольства убедить японцев нарушить их договор о нейтралитете с Советским Союзом, заключенный буквально за три месяца до начала «Плана Барбаросса». «Делайте, что хотите, — писал Риббентроп, — но японцы должны начать войну с Россией… Чем раньше это произойдет, тем лучше. Мы продолжаем надеяться, что еще до начала зимы пожмем руки японцам на Транссибирской магистрали.» В японском правительстве мнения разделились между сторонниками «северного» (война с Советским Союзом) и «южного» (война с Великобританией и Соединенными Штатами) вариантов.
Информацию для передачи в Москву Зорге получал преимущественно от Озаки, поскольку сторонники «южного» варианта одержали верх. 15 августа он сообщил, что от начала войны до наступления зимы отказались из-за «чрезмерного напряжения японской экономики». Позже Зорге отмечал, что, несмотря на поступавшие с опозданием благодарности за его сообщения, на которые никто не обращал внимания, ему до конца сентября так и не удалось убедить Москву в серьезности намерений Японии. На свою радиограмму: «Можно считать, что Советский Дальний Восток не подвергнется нападению Японии» он получил специальное благодарственное послание из Москвы. В октябре Сталин отправил почти половину войск с Дальнего Востока на Западный фронт. В последнем своем послании в Москву Зорге просил в связи со снижением угрозы нападения со стороны Японии отозвать его домой или направить в Германию. Это сообщение так и не ушло. 18 октября Зорге арестовали. Затем в течение нескольких дней были арестованы 35 членов его группы. По свидетельству офицера японской безопасности, ответственного за слежку, ночь перед арестом Зорге провел в постели жены немецкого посла.
Разведданные относительно намерений Японии, поступившие от группы Зорге после начала операции «Барбаросса», основывались на одном ошибочном предположении. Передаваемая Зорге информация не была, как многие считают, уникальной. Кое-что поступало одновременно из перехваченных японских дипломатических телеграмм. Пожалуй, именно благодаря этому совпадению сообщений Зорге и завоевал полное доверие Москвы всего за три недели до своего ареста японской службой безопасности. После ареста Зорге сообщения, подтверждающие намерения Японии, продолжали поступать. В расшифрованной телеграмме от 27 ноября 1941 года, отправленной из Токио в посольство в Берлине (а может быть и в Москве), говорилось: «Необходимо встретиться с Гитлером и Риббентропом и тайно разъяснить им нашу позицию в отношении Соединенных Штатов… Объясните Гитлеру, что основные усилия Японии будут сконцентрированы на юге и что мы предлагаем воздержаться от серьезных действий на севере.» Наиболее значительные успехи советских криптологов времен войны связаны с расшифровкой японских кодов и шифров. В феврале 1941 года группа дешифровки спецотдела была передана Пятому (шифровальному) Управлению НКГБ (позднее НКВД). Ядром нового управления был Исследовательский отдел, который занимался разгадыванием иностранных систем кодировки и шифрования. Работа ведущего специалиста по Японии С. Толстого была отмечена выше, чем любого другого советского криптолога времен войны, — его наградили двумя орденами Ленина. Его главными помощниками были профессор Шумский, филолог-японист полковник Котельников и Каспаров. Сам Толстой умер вскоре после победы. Благодаря своей успешной работе группа смогла снять с ГРУ часть нагрузки по дешифровке сообщений японской армии. Одной из задач первой группы Пятого Управления было наблюдение за передвижением Квантунской армии, выявление свидетельств готовящегося нападения на Советский Дальний Восток.