В своих мемуарах Филби вспоминает, как на обратном пути в Лондон он спокойно готовил отчет, в котором предлагал различные объяснения неудачи, которой закончилась попытка Волкова: пьянство, неосторожность, прослушивание НКГБ его квартиры, неожиданное изменение решения. «Другая версия — что русских предупредили о намеченном побеге — не имела никаких доказательств. Ее не стоило включать в отчет.» После бегства Гузенко прошло совсем немного времени, и вся история с Волковым так обеспокоила Филби возможностью скорого провала, что он решил в своем отчете дискредитировать Волкова. Когда копия этого отчета пришла в Центр, там всерьез забеспокоились.
Желание Волкова перебежать Филби объяснял тем, что тот был «изменником», чье «предательство» было раскрыто НКГБ, — весьма необычная манера для офицера СИС говорить о перебежчике. В своем стремлении дискредитировать информацию Волкова о внедрении советских агентов, которая могла подвести и к нему самому, Филби весьма пространно уверял в ненадежности сведений, которые Волков обещал передать. Он удивлялся, например, тому, что Волков не смог дать криптологической информации, хотя и уверял в советских успехах по дешифровке английских шифров за последние два года. Грубые попытки Филби дискредитировать Волкова резко контрастируют с той отработанной версией, которую он позже подготовил для своих мемуаров в Москве. Оказавшись под угрозой провала впервые после прихода в СИС, Филби был сильно напуган. В то время он был настолько вне подозрений, что история с Волковым ему не угрожала, но после бегства Берджесса и Маклина в 1951 году досье вытащили на свет божий, и его неудачная попытка дискредитировать Волкова стала важной частью обвинения против него.
Наибольшая потенциальная угроза послевоенным операциям Московского центра на Западе исходила от нарушения шифровой безопасности в последний год войны. В 1944 году ОСС заполучила 1.500 страниц шифровальных тетрадей НКВД/НКГБ, захваченных финнами. Хотя оригинал по настоянию президента Рузвельта вернули в Москву, Донован сохранил копию. Сами по себе тетради большого интереса для западных криптологов не представляли. При зашифровке посланий НКВД/НКГБ вначале каждое слово или даже букву записывали в виде пятизначного числа из шифровальной тетради. Но затем шифровальщик в резидентуре НКГБ добавлял в каждую группу еще пять знаков из серии случайно отобранных цифр, указанных в «разовой тетради», второй экземпляр которой был только в Московском центре. Если использовать «разовую тетрадь» лишь однажды, как того и требовали инструкции Центра, шифр «расколоть» практически невозможно. Но в последний год войны количество информации, передаваемой резидентурами из Соединенных Штатов и Англии, было столь велико, что Центр иногда направлял «разовые тетради» вторично. Говорят, шифровальщика, виновного в этом, потом расстреляли. В конце войны было еще два случая нарушения обычно очень строгого шифрового режима. ФБР в 1944 году перехватило незашифрованные тексты нескольких донесений НКГБ из Нью-Йорка в Москву. Игорь Гузенко после своего побега в сентябре 1945 года рассказал о принципах шифрования, применяемых НКГБ и ГРУ.
Решающий прорыв в использовании разгаданных советских шифров был сделан в 1948 году блестящим криптологом Мередитом Гарднером. Гарднер служил в отделе службы безопасности армии США (АСА), который через год был преобразован в отдел службы безопасности вооруженных сил, предшествовавший Национальной службе безопасности (НСА), созданной в 1952 году. Гарднер был замечательным лингвистом и криптологом. Утверждают, что он за три месяца изучил японский язык, чтобы работать с японскими кодами и шифрами во время войны. В течение 1948 года ему удалось разгадать некоторые фрагменты шифровок НКГБ в Центр и из Центра, переданных в последний год войны. У Роберта Лампера из ФБР после первой встречи осталось о Гарднере впечатление как о «высоком, нескладном, неразговорчивом, очевидно, интеллигентном молодом человеке, который не любил говорить о своей работе, опасаясь сказать больше того, что ФБР знало из имевшихся у них фрагментов». В последующие годы было полностью или частично дешифровано несколько тысяч шифровок НКГБ (под кодовым названием «Венона»). Тайну «Веноны» и методы Гарднера по ее дешифровке выдал русским в 1948 году шифровщик АСА Уильям Уэйсбанд, завербованный МГБ за два года до этого. Предательство Уэйсбанда раскрылось в 1950 году. Хотя ему и дали год тюрьмы за неявку в суд, по обвинению в шпионаже его не судили. АСА и ее английский партнер ШКПС решили, что «Венона» слишком дорогой секрет, чтобы рисковать им, вынося в суд, пусть и при закрытых дверях.