Окончательно подложность обеих рукописей с различных точек зрения (технико-палеографической, исторической и лингвистической) была научно доказана только на рубеже XIX и XX веков, хотя выступления в поддержку рукописей (руководствующиеся прежде всего политическими соображениями) продолжались и позже и не утихли полностью даже в наше время («общество рукописей», существовавшее в 1930-е годы и в конце 1940-х, было воссоздано в 1993 г.) Большую роль в координации действий специалистов в различных областях науки в 1880-е — 1890-е годы сыграл будущий президент Чехословакии Томаш Масарик, который и сам выступал на страницах журнала «Атенеум» как критик рукописей с эстетической точки зрения.
Обнаружился факт написания рукописей на обрезках древнего пергамента, с которого был смыт старый текст (палимпсест), употребление производившейся с начала XVIII века берлинской лазури, смешение написаний разного времени и неуверенный почерк (обведение контура, подчистки), на б тысяч слов — около тысячи ошибок в древнечешском языке (явные кальки с русского и немецкого, неверная орфография, использование слов подлинных памятников в ошибочных значениях), фактические анахронизмы ит.п. В изготовлении рукописей с большой долей вероятности участвовал также Йозеф Линда, быстро разоблаченная подделка которого («Песня под Выше-градом») используется в тексте. В 1899 году даже появилась версия о том, что в Краледворской рукописи Ганка оставил авторский знак — зашифрованную латинскую надпись «Hanka fecit» (Ганка сделал), но это не подтвердилось.
Ганке принадлежит еще одна фальсификация — «обнаруженные» им в 1827 году чешские глоссы в средневековом латинском словаре Mater Verborum (одной из их целей было подкрепление подлинности Краледворской и Зеленогорской рукописи). Приводимые там имена славянских божеств и названия планет полвека (до разоблачения в 1877 г.) фигурировали в числе источников по славянской мифологии; в многочисленных ненаучных сочинениях о язычестве ссылки на них встречаются и сейчас.
Пожалуй, самая «вредоносная» фальсификация Ганки — рассказ о победе Ярослава из Штернберка под Оломоуцем над монголо-татарами в 1242 году (одна из песен Краледворской рукописи). Эта мифическая битва кочует из одного исторического труда в другой и после разоблачения рукописей, она даже попала в третье издание БСЭ».
