Сказались недостатки в планировании операции. Бригаде НКВД было выделено недостаточно авиационных средств доставки, обеспечения и прикрытия. Военно-транспортная авиация в состоянии была выполнить поставленную задачу только в течение нескольких суток, а этим утрачивалась внезапность. К тому же на этом участке фронта проявляли высокую активность немецкие истребители. Что сразу же сказалось на потерях личного состава и авиатехники. Так командованием Люфтваффе в район Барановичей были переброшены 10. и 12./NJG5 (подразделения ночных истребителей Люфтваффе) во главе с кавалером Рыцарского Креста гауптманом Хайнрихом Виттгенштайном (в РИ он в это время воевал в Голландии). Что соответственно сказалось на результатах наших действий. Так только в ночь с 24 на 25 июня в районе восточнее Лиды было сбито сразу 7 транспортных самолетов. На следующий день ВТА на этом направлении потеряла еще 12 самолетов Ли-2. 3 "Антошки" в районе Беловежской пущи потеряла и наша авиадивизия.
Через несколько дней на аэродромы базирования транспортной авиации были нанесены "звездные" налеты вражеской авиации. В результате чего авиаполки понесли серьезные потери в технике и людях. Так только наша авиадивизия потеряла на земле 6 самолетов и более 60 человек личного состава, в том числе пилотов "Антошек".
В этих условиях, а также в связи с началом битвы на Курской дуге командованием ВТА было приняло решение о сокращении количества участвовавших в операции авиатранспортных полков и использовании их на других направлениях. Тем не менее, каждую ночь, единичные борта пытались прорваться к подразделениям бригады и обеспечить их необходимыми грузами.
Только после того как партизаны и наши диверсанты вывели из строя железнодорожные мосты от Бреста до Минска и Белостока на Гродно и Минск активность вражеской авиации упала до минимума, мы смогли возобновить полеты во вражеский тыл и оказать помощь нашим войскам и отрядам. К этому времени сражение в Августовских лесах был практически законченным. Оставшиеся в живых десантники и освобожденные из лагеря военнопленные по мере возможности прорывались из окружения к партизанам или выходили к линии фронта.
Вновь работать совместно с Брестской штурмовой бригадой НКВД нам пришлось уже весной 1944 года, в ходе Восточно-Прусской наступательной операции проводившейся войсками 2-го и 3-го Белорусских фронтов. Целью этой операции была ликвидации кёнигсбергской группировки противника и захват города-крепости Кёнигсберг.
На протяжении 1943- весны 1944 годов войсками Красной Армии была проведена серия успешных наступательных операций. Самые крупные из них вошли в историю как "Десять сталинских ударов", в результате которых армиям Вермахта было нанесено тяжелейшее поражение. Советские войска смогли практически полностью очистить территорию СССР от немецких и союзных им сил. Кроме того, от гитлеровцев и их сторонников были освобождены Финляндия, значительная часть Польши. К январю 1944 года войсками Красной Армии были захвачены и расширены плацдармы на реке Висла. Тем самым были созданы благоприятные условия для развития наступления на Берлинском направлении.
Однако на пути к Берлину было серьезное препятствие в лице группы армий "Центр", размещавшейся в Восточной Пруссии и северной Польше. Положение этой немецкой группировки создавало угрозу флангового удара по нашим войскам в случае их продвижения к центральным регионам Германии. Таким образом, без ликвидации восточно-прусской группировки Вермахта успех наступления на берлинском направлении был под большим вопросом.
В конце октября - начале ноября 1943 года войска 3-го Белорусского фронта предприняли серию попыток прорыва в Восточную Пруссию с территории южной Литвы, но успеха добиться не удалось, и 5 ноября 1943 года войска фронта перешли к обороне.
Стало очевидно, что без серьезной и тщательной подготовки сломить сопротивление немецких войск в данном регионе не удастся. В середине ноября 1943 года Ставка Верховного Главнокомандования и Генеральный штаб приступили к разработке планов на зимне-весеннюю кампанию 1944 года. Операции по уничтожению группы армий "Центр" было уделено особое внимание. К концу ноября разработка плана наступления в Восточной Пруссии была в целом завершена. В операции по уничтожению вражеской группировки предполагалось использовать силы трех фронтов: 2-го и 3-го Белорусских, а также 1-го Прибалтийского, поддержку с моря должен был осуществлять Балтийский флот под общим командованием адмирала В.Ф.Трибуца.
Еще на начальном этапе разработки планов наступления в советском командовании произошли серьезные изменения. К.К.Рокоссовский был назначен командующим 2-м Белорусским фронтом, а на посту командующего 1-м Белорусским его сменил Г.К.Жуков. На 3-м Белорусском и 1-м Прибалтийском фронтах изменений не было, ими по-прежнему командовали И.Д.Черняховский и И.Х.Баграмян.