Клеймо создателя полностью

…Чуть у Румера было поразительным. То, что увлекало его в молекулярной биологии [много] лет назад, сейчас является передним краем исследований. В последние годы наблюдается явный рост числа публикаций, в которых проблемы генетического кода анализируются с привлечением симметрий и методов теории групп. Предлагаются разные подходы, основанные на разных типах групп, включая квантовые. В основном этим занимаются физики, не слышавшие о работах Юрия Борисовича. Когда они знакомятся-таки с работами Румера, то поражаются их изяществу, глубине и тому, что идеи симметрии уже [много] лет назад играли центральную роль при подходе к проблемам генетического кода…

Любопытно, в частности, что Юрий Борисович инициировал исследования и по поиску корреляций между одномерной и трехмерной структурами белков. Их не удалось довести до конца по причине существенной неполноты экспериментальных данных, отсутствия хороших компьютеров, а в основном, по-видимому, из-за недостатка энтузиазма… у молодых участников проекта. И снова современное: Не люблю я точные науки, Точно сам не знаю, почему…

Он объединил кодоны, третья буква которых может быть любой из четырех, в один набор, а кодоны, не удовлетворяющие этому условию – в другой. Оба набора содержали равное число триплетов – по 32 каждый. При этом число кодирующих дублетов в обоих наборах составляло по восемь в каждом, поэтому наборы были названы октетами. Оба октета оказались связанными между собой простым преобразованием: T->G, C->A (ДНК-вариант):

Этот рисунок иллюстрирует румеровское преобразование, переводящее дублеты одного октета в другой. Третье основание кодона неявно присутствует здесь в составе октета II, продукты которого организованы в две строки: верхнюю кодируют триплеты с третьим пиримидином, нижнюю – с третьим пурином.

Идеи Юрия Румера были продолжены и развиты работами Владимира Щербака. Два румеровских октета Щербак преобразовал таким образом, чтобы выделить в них группы вырожденности, пронумеровав их справа налево, а продукты кодирования (аминокислоты) он упорядочил в каждой группе по нарастанию молекулярной массы слева направо; триплеты, соответствующие продуктам кодирования, он записал по вертикали сверху вниз. Тогда первые, вторые и третьи основания кодонов образовывали три строки в каждом кодоне. Вот что у него получилось (цифры под третьими основаниями – характеристики кодируемого продукта):

1. номер октета

2. номер группы вырожденности

3. продукт кодирования (аминокислота или терминирующий сигнал 0)

4. 1-е основание кодона

5. 2-е основание кодона

6. 3-е основание кодона

7. Bulkiness (мера формы или объма или «громоздкости» боковой цепи)

8. Объем (рассчитанный по Ван-дер-Ваальсовым радиусам)

9. Полярность (сила электрического поля вокруг молекулы)

10. Изоэлектрическая точка

11. Гидрофобность 1; гидрофильные аминокислоты – выделены темносерым и отрицательными значениями

12. Гидрофобность 2 (другие данные)

13. Поверхность, доступная для воды в развернутом пептиде

14. Доступная воде поверхность, теряемая при свертывании пептида

15. Polar requirement, PR (эмпирические данные по хроматографии водных растворов). Темный 7.5; светлый 5.6

16. Частота встречаемости аминокислот в белках современных организмов

17. ars-класс

18. неканоническое кодирование ( – нет продукта)