Дворцовый приказ, или приказ Большого дворца, управлявший царскими вотчинами, находился при Феодоре в заведовании дворецкого Григория Васильевича Годунова, отличавшегося бережливостию: при Иоанне IV продажа излишка податей, доставляемых натурою, приносила Приказу не более 60000 рублей ежегодно, а при Феодоре — до 230000; Иоанн жил роскошнее и более по-царски, чем сын его. Четверти собирали тягла и подати с остальных земель до 400000 рублей в год: область Псковская доставляла 18000 рублей, Новгородская — 35000; Торжокская и Тверская — 8000; Рязанская — 30000; Муромская — 12000; Холмогорская и Двинская — 8000; Вологодская — 12000; Казанская — 18000; Устюжская — 30000; Ростовская — 50000; Московская — 40000; Костромская — 12000; Сибирь — 20000. Пошлины торговые, судные и другие и остатки сумм из разных приказов, шедшие в приказ Большого прихода, доставляли ежегодно 800000 рублей; с Москвы торговых пошлин сходило 12000 рублей, Смоленска — 8000, Пскова — 12000, Новгорода — 6000, Старой Русы — 18000 (от солеварения), Торжка — 800, Твери — 700, Ярославля — 1200, Костромы — 1800, Нижнего Новгорода — 7000, Казани — 11000, Вологды — 2000. Таким образом, ежегодно поступало в казну чистого дохода до 1430000 рублей. Торговые пошлины собирались целовальниками и отдавались на откуп из наддачи; в грамотах, которые давались откупщикам, говорилось: «Отказать ему пошлину до сроку за два месяца, а не откажет до сроку за два месяца и станет отказывать на срок, то вперед брать откуп на откупщике и на его поручниках, а наддача вдвое». Срок откупа назначался год. По грамоте, данной двинским таможенным целовальником в 1588 году, ведено брать с судна, какое бы оно ни было, судовой подъемной грузовой пошлины с 1000 пуд по два рубля и по две гривны; со ста пуд — по семи алтын и по две деньги; с того же судна посаженного брать по десяти алтын и головщины по деньге с головы; с людей брать побережное по 22 алтына с ладьи. Кто приедет в санях или верхом, или пешком придет, с того брать явку. Тут же упоминается пошлина свальная: с 1000 пуд — по полтине, с воза — по две деньги и проч.; подъемная пошлина — с подъему по две деньги, «а поднимать в весу товар под оба конца», кто же станет продавать в развес меньше пуда, с тех подъема не брать; рукознобная пошлина: с пудом ходить и товар всякий весчий у гостей весить, пошлину рукознобную брать с купца и продавца с подъема по деньге, да с припуску по деньге. Целовальники доносили, что у них многие люди пошлин не платят: так, не платят их английские гости, не платят суда Троицкого, Кириллова и других монастырей; суда Федора Кобелева большой иногородней пошлины не платят, а платят только туземную, двинскую, на том основании, что у Кобелева есть на Двине промыслы и угодья; на том же основании не платят пошлин суда Данилы Строганова и Данилы Бренкова. Царь отвечал, чтоб пошлину брали с русских людей со всех без исключения, с двинян — двинскую, а с иногородцев — иногородную, также и с иноземцев, кроме англичан, которые имеют жалованную грамоту. В 1592 году торговые пошлины в селах Чаранде и Коротком были пожалованы боярину Дмитрию Ивановичу Годунову.
В 1588 году староста и рыболовы переяславской рыболовской слободы били челом, что берут с них во дворец оброки и пошлины за посошной корм, с рыбных ловель, за закорных щук, с рек, пошлины дворецкого и дьячьи, ключничьи, ямские деньги, сенные деньги, присудные деньги, всего до 50 рублей, и от того у них рыболовская слободка пустеет. Царь с царицею пожаловали, не велели два года брать с них ямских и присудных денег. В 1590 году были освобождены от торговых пошлин и земских повинностей жители Кольской волости, также волостей Керети и Ковды по случаю разорения их шведами. В 1591 г. крестьяне Глотовой слободки били челом, что вычегжане, вымичи и сысоличи самовольством велят им всякие подати платить с собою вместе, сбавя с себя; а у них в Глотовой слободке живут все молодшие люди, кормятся пиктою да зверем, а хлеба не пашут и не торгуют ничем, а на Вычегде и на Сысоле живут прожиточные, торговые люди, торгуют всякими товарами и хлеб пашут. Государь пожаловал, велел крестьянам Глотовой слободки привозить подати в Москву самим по-прежнему, а с вымичами, сысоличами и вычегжанами ни в какие подати им не тянуть.
