Исходя из старого опыта, Нансен считал, что переговоры всегда легче вести непосредственно с человеком, которого это дело касается, а поскольку в центре Европы еще оставалось 200 тысяч русских военнопленных, он счел это обстоятельство достаточным основанием для сотрудничества. Но советский нарком иностранных дел Георгий Чичерин заявил, что Лига наций не получила признания Советского правительства, которое в свою очередь не признано западными державами, а потому он и не может вести переговоры с Лигой наций и с представителем этой Лиги.
Однако Чичерин согласился вести переговоры
На совещании в Каунасе под председательством Нансена при участии представителей германского, австрийского и Советского правительств, Красного креста и Ассоциации христианской молодежи была создана комиссия под названием «Нансеновская помощь». Сам Нансен говорил об этом так: «Присвоение организации моего имени объясняется тем, что многие, в том числе и русские, считали, что это облегчит нам работу в Советской России».
Штаб-квартира Нансеновской миссии находилась в Берлине, Возглавлял ее доктор фон Хентиг, а под его началом работала комиссия представителей: одного от Нансена, одного от Советской России, по одному от вспомогательных организаций. Управляющим делами был Т. Лодж. В контакте с Международным Красным крестом и другими организациями и при непосредственном участии Советского правительства «Нансеновской помощью» был послан в Сибирь поезд с медикаментами, продуктами питания и одеждой и организованы раздаточные пункты и карантины для медицинского освидетельствования и дезинфекции. Была предусмотрена и переброска пленных из дальних лагерей к железнодорожным станциям, а портовые города были подготовлены к приему и отправке пленных. Контроль за перемещением грузов оказался достаточно эффективным, и все они дошли до места назначения. Печать и табличка с именем Нансена служили «охранной грамотой», как говорили люди, занятые перевозкой грузов.
Нансен был восхищен работой Красного креста и с особым восторгом отзывался о докторе Эдуарде Фрике, возглавлявшем работу по сбору пленных, дезинфекции и раздаче еды и одежды. В портовом городе Нарве деятельную работу вел шведский Красный крест под началом принца Карла.
Отлично проявила себя германская организация по отправке на родину русских пленных из Центральной Европы, и Нансен не уставал расхваливать работу ее руководителя доктора Шлезингера.
Кратчайшим путем для репатриации русских военнопленных и эвакуации пленных из Советской России было Балтийское море, но для этого нужны были суда, а их трудно было достать. Советы еще находились в состоянии войны с Польшей, а Англия, захватившая весь германский флот и не выпускавшая его из германских портов, соглашалась продать суда, но отказывалась предоставить их временно для транспортировки военнопленных. Шел обмен телеграммами. Нансен обещал, что после перевозок суда будут отремонтированы, но даже на таких условиях получил только два судна. Первые транспорты могли отправиться уже 19 мая, но нужны были еще суда.
Томас Лодж, финансовый консультант Нансена, поехал в Лондон уговаривать английское правительство дать еще двенадцать судов. Их отремонтировали в немецких портах, укомплектовали немецкими матросами и повели под немецким флагом.
В июле небольшой транспортный флот был отправлен в путь. С востока приходили поезда с военнопленными, а в Нарве и других портовых городах их пересаживали на суда, идущие в Свинемюндэ, а оттуда отправляли по домам. Обратным рейсом суда возвращались с русскими пленными.
Нансен надеялся закончить обмен пленными до наступления зимы, но ему не хватило отпущенных на это кредитов и пожертвований. 2 августа 1920 года наркоминдел Чичерин получил из Берлина такую телеграмму: