Кому мешает ДНК-генеалогия? полностью

>> «Наличие «недостатков методов ДНК-генеалогии», но что хотелось бы знать, в чем они заключаются» (Alex). Неясно, что здесь подразумевается под «методами ДНК-генеалогии». Если это расчетный аппарат, то он давно разработан и верифицирован. По сути, «недостатки» расчетного аппарата такие же, какие и в кинетике химических и биологических процессов. В свое время (1976 г.) книга И.В. Березина и А. А. Клёсова «Практический курс химической и ферментативной кинетики» начиналась следующими словами:

До настоящего времени базис химической кинетики остается наименее строгим среди всех разделов физической химии. Однако значение кинетических методов в современной химии и биохимии неуклонно растет. В первую очередь это связано с тем, что хотя теория элементарного акта далека от совершенства, математический аппарат формальной кинетики и макрокинетики вполне строг и приводит к однозначным результатам. Не менее важно и то обстоятельство, что результаты кинетического эксперимента часто удается поставить в четкое соответствие с другими физико-химическими параметрами реагирующих систем и таким образом получить законченное описание химического или биохимического процесса.

Все сказанное в цитате выше относится и к методам ДНК-генеалогии.

Если речь о подходах к построению деревьев гаплотипов, то они нас вполне устраивают. Да, в последние годы появились варианты, которые могут быть приложены к построению деревьев гаплотипов, но зачем, с какой новой целью? Как говорит американская поговорка – «если не поломано, то не надо чинить». «Дискутанты», которые на Троицком рассуждали о более продвинутых (на их взгляд) методах построения деревьев, рассуждали как лаборанты. Для них был важнее процесс, «шашечки», а не результат. Ни в одном случае ими не было показано, что другие методы построения деревьев приведут к лучшему и более правильному разделению ветвей при наличии той же серии гаплотипов. Те, кто в этим действительно понимают, знают, что если есть два одинаковых гаплотипа, относящиеся к разным гаплогруппам или субкладам, то никакая на свете программа их не разделит по разным ветвям. Вероятность такого совпадения гаплотипов повышается при уменьшении протяженности гаплотипов. Именно потому мы стараемся строить деревья для 67– или 111-маркерных гаплотипов. Это – значительно важнее, чем любые программы построения.

Когда я вижу, что дерево четко разделяет серии гаплотипов по субкладам, мне не нужны никакие новые программы. Для лаборантов по духу (типа «дискутантов» Веренича, Запорожченко, Касьяна) важно, как закладывать в матрицу гаплотипы, а мне важен конечный результат, и как он проверяем независимыми методами.