Впоследствии Кони и Короленко встречались не очень часто. Одним из поводов для встреч были первые заседания разряда изящной словесности Академии наук, куда оба были избраны. Но теплое чувство дружбы, возникшее между ними в то время, когда они боролись за спасение мултанцев, связывало их всю жизнь. Владимир Галактионович, очень тепло отзываясь о Кони, высоко ценил его гражданскую позицию. В статье «Два юриста», опубликованной в газете «Полтавщина» в октябре 1905 года, он отмечал, что судебные речи Кони «…представляют настоящие образцы строгой юридической обоснованности и стройного развития юридических доводов. От этого, впрочем, они не становятся сухими: их оживляет и освещает живое гражданское чувство, которое теплой струей проходит через дальнейшую юридическую карьеру А. Ф. Кони».
Короленко писал, что на посту обер-прокурора «его авторитетный голос разъяснил, между прочим, многие запутанные стороны вероисповедной юрисдикции, и одно время со страниц «Московских ведомостей» раздавалась по этому поводу усиленная канонада по кассационному департаменту сената».
Отзвуки мултанского дела Кони чувствовал еще долго. Летом 1896 года Анатолий Федорович, отдыхая в Швейцарии, писал К. К. Арсеньеву о нападках на него одного из своих недругов — Игнатия Платоновича Закревского: «Хороша и ст[атья! его о Мултанском деле! Надо заметить, что ему как persona grata в М-ве отлично известны мои столкновения по этому делу. Он повторяет все упреки, деланные мне, — тоже, очевидно, с целью подслужиться…»
Закревский поместил свою статью «К мултанскому делу» в «Юридической газете».
Поводом для этого письма стало полученное Кони известие о том, что Закревский стал автором «Вестника Европы». «Признаюсь, я не очень завидую «В. Е.», которому грозит честь иметь сотрудником такого г-на!» — сетовал Анатолий Федорович.
Кони — П. А. Гейдену:
23 ноября 1896 г.
«Дорогой друг Петр Александрович.
Пишу тебе
Ты знаешь, что более года как я подвергаюсь разным инсинуациям и злословию со стороны сенатора Закревского, вполне презренной личности, думающей, по-видимому, этим путем снискать себе сочувствие. Я отвечал на все его печатные выходки презрительным молчанием и лишь избегал встречи с ним. Но вчера вечером, в заседании комиссии о суде присяжных под председательством Муравьева, я вынужден был встретить этого прохвоста, и он имел нахальство развязно подойти ко мне и протянуть мне руку. Я ему своей не подал… Произошло это при свидетелях и имело, как мне кажется, очень выразительный характер. Он весь передернулся и вскоре удалился из комиссии. С моей точки зрения, то, что я считал необходимым сделать, — очень оскорбительно — и если бы кто-нибудь позволил себе это против меня, я послал бы ему вызов.
Такого же жду я и от Закревского, если только он не холуй последнего сорта…
Я прошу тебя, если последует вызов (я его приму), быть моим секундантом…»
Закревский оказался «холуем последнего сорта»…
Кассационный департамент сената, в котором Конн был обер-прокурором, к середине 90-х годов сильно изменился. «Он пополнялся людьми новой формации, — писал Анатолий Федорович, — получившими звание Сенатора за услужливость и почтительность и принадлежавшими по своему душевному складу к многочисленному потомству наиболее популярного из сыновей Ноя. Эти люди приносили с собою крайнюю узость взглядов, буквоедство и непонятную в старческом возрасте черствость… Мне приходилось, давая заключения почти по каждому делу в департаменте, сталкиваться то с безмерным самолюбием и самомнением Гончарова, то с бездушием Люце, то с коварством Таганцева, то с двуличием Репинского, то, наконец с откровенною подлостью господина Платонова, а иногда со всем этим вместе и сразу… и всегда относившегося ко мне враждебно и злобно палача Дейера».
Немало огорчений испытал Анатолий Федорович, участвуя в работе Комиссии по исправлению Судебных уставов 1864 года, названной по имени ее председателя «комиссией Муравьева». Кони нарек ее «Комиссией по ремонту Судебных уставов, обратившейся в их уничтожение». Четыре года, более 500 заседаний, которые Кони назвал впоследствии утомительными и оскорбительными для человека! Он воевал там против «видов правительства», которые хотел внедрить Муравьев и которые сводились к тому, чтобы вовсе ликвидировать суд присяжных, заменив его сословным судом, пли резко ограничить его юрисдикцию. Крайне раздражала власти и несменяемость судей. Пересмотр Судебных уставов был сведен к учреждению должности участкового судьи, сменяемого и малооплачиваемого, с огромной подсудностью, и к уничтожению мировых и общих судебных учреждений, к передаче предварительного следствия в руки полиции и т. п. По каждому из этих вопросов Анатолий Федорович вступал в «обостренные прения в сознании собственного бессилия поколебать разыгравшиеся хамские усилия».