Однако вместе с этим росли и их гордыня и пренебрежение остальным Орденом, всё менее разборчивы они становились в методах, считая всё большое количество из них допустимыми и потом некоторые из их уже забытых лидеров допустили самую главную ошибку - потребовали поделиться властью на Тайтоне, допустить представителей алхимического направления на освободившие места в Совете и наконец официально признать верность их учения. Джедаи этого не допустили, вместо этого осудив новое учение, признав его последователей слишком похожими на Легионы Леттоу, после чего потребовали от выскочек отказаться от большинства новых практик, отказаться от поисков вечной жизни и всегалактического блаженства. Нельзя сказать, что у джедаев не было на это оснований, многие из алхимиков в тот момент уже перешли грань, пользуясь возможностями, что предоставляет Тёмная Сторона Силы и даже начали поиск утраченных знаний, что остались от Легионов Леттоу. Тем не менее, неизбежное случилось - сначала еретики оставили Орден, бежав с Тайтона и прочих планет контролируемых джедаями, а потом началась война. Джедаи нанесли первый удар, стремясь арестовать тех из еретиков, кто стремился к запретным знаниям, требуя от них прекратить пользоваться Силой. Те ответили отказом и вскоре началась война, длившаяся целый век и известная как Столетняя тьма, в ходе которой еретики окончательно пали на Тёмную Сторону и лишились всех предрассудков. Для них, улучшивших свои тела при помощи Силы и алхимии, сотня лет не была всей жизнью.
Однако в ходе войны Орден всё чаще превосходил тёмных джедаев, вынуждая последних использовать Силу для создания монстров. Сам Карнесс Муур проявил свой большой талант и принял активное участие в создании левиафанов и других ужасающих существ, что служили оружием против рыцарей с Тайтона и их превосходящих числом прислужников с Корусканта. Но, несмотря на подвластных чудовищ, тёмные джедаи не смогли противостоять войскам Республики и Ордену, и их отбрасывали все дальше и дальше. Последняя битва была проиграна Мууром и его соратниками ровно через сто лет после начала войны на планете Корбос, где они столкнулись с охотниками и другими серьезными врагами. В итоге тёмные джедаи были вынуждены сдаться из-за превосходящей силы противника. Хотя Столетняя тьма закончилась поражением отступников, республиканский плебс требовал казни виновных, что категорически отвергалось Орденом джедаев. Однако это было сделано не из-за глупости или пощады от великой доброты. Последние выжившие, лучшие из алхимиков, что лично повели своих созданий в бой только когда почти не осталось воинов, они вынудили Орден дать им возможность бежать, шантажируя их угрозой выпустить напоследок огромное количество смертельных эпидемий, что уничтожат большое количество разумных в галактике и не оставят победителей. По этой причине выжившие были изгнаны из Республики и отправлены практически без оружия в Неизведанные Регионы, которые для этих исследователей уже не были такими уж неизвестными.
Прошли годы, но их изыскания оказались не напрасны и темные джедаи следуя зову Силы нашли свой путь к Коррибану, сосредоточению Тёмной Стороны Силы и дому расы ситхов, которых они покорили за считанные недели. Их лидер, сильнейший из них и один из лучших генералов прошедшей войны, Аджанта Полл стал новым лордом, Тёмным повелителем ситхов, а остальные одиннадцать оставшихся в живых к тому времени «джен’джидаев», как называли ситхи темных джедаев, стали его Руками, разделившими и проводящими его власть над планетой.
Они никогда не были равны и никогда не были похожи друг на друга. Пока его соратники занимались обретением всё большего влияния, Карнесс Муур продолжал свои эксперименты с могуществом Силы. Позже плоды его трудов стали известны как ситхская алхимия, соединив опыт многих поколений покоренных ситхов и Изганников. С тех пор его целью было сохранить свою жизнь, победить смерть. Однако он не пытался сохранить тело, а сосредоточился на сохранении своего сознания. С этой целью он разработал талисман, смоделированный по образцу шестилапого насекомого, в который темный джедай переселил свой разум. Он всегда искал могущественного адепта Силы, чтобы затем завладеть его телом, однако каждый раз терпел неудачу. Множество лордов ситхов, включая Нагу Садоу, владело талисманом Муура, однако лишь немногие из них, такие как Марка Рагнос, были достойны того, чтобы Карнесс поделился с ними хоть толикой знаний. Из-за невезения или действий завистников его артефакт зачастую исчезал из виду. Как будто сама Сила не хотела, чтобы его нашли.