Савонароле было поручено вести переговоры с Карлом VIII об условиях его «вступления» в город. Он встретился с Карлом в Пизе, куда прибыл как minister Dei (лат. «служитель Божий»), и прекрасно справился со своей миссией. Он объяснил Карлу, что они оба призваны дополнять друг друга: король – бич Божий, посланный флорентийцам в наказание за их грехи и для их renovatio (лат. «обновления»), и монах, который станет орудием исправления грешников. Слова его возымели действие, Карл пощадил город и 28 ноября покинул его, что выглядело в глазах сторонников Савонаролы настоящим чудом. Теперь, когда руки у него были развязаны, тон пророчеств совершенно изменился. Раньше, находясь «в оппозиции», он бичевал богатых и поносил гуманистов, теперь же от беспросветного пессимизма он перешел к ослепительно-прекрасным видениям будущего, забыл про Апокалипсис и увлекся милленаризмом с местническим оттенком. Так, 30 ноября 1494 г. он объявил, что Флоренция, «Город Лилии», призван стать небесным Иерусалимом, с которого начнется возрождение христианства.[26] Говоря это, он не изобретал ничего нового, так как по местной традиции Флоренция считалась избранницей Божией, по другой же традиции ее называли наследницей Римской республики. Гениальность Савонаролы состояла в том, что на какой-то короткий момент ему удалось объединить два этих представления, тем самым придав городу исключительный характер.
