Императрица, делясь с ним своими воспоминаниями, отмечала, что «государю было очень неприятно» вспоминать, как он под влиянием придворных кругов, начиная с апреля 1911 года и вплоть до смерти Столыпина, как бы несколько потерял то исключительное доверие, которое питал к нему на протяжении пяти лет его пребывания у власти. Уже после смерти Столыпина государь, более внимательно перечитывая стенографические отчеты Государственного совета от 1 февраля, 4 марта и 1 апреля 1911 года в связи с законопроектом о Западном земстве, убедился в том, насколько прав был Столыпин в своих речах, защищая как интересы русского населения в Западном крае, так и права монарха при пользовании 87-й статьей «Основных законов»; и вместе с тем для государя уже после смерти Столыпина стало ясно, что многие из членов Государственного совета, выступая против правительства, и в частности против П. А. Столыпина, думали не об интересах государства и русского населения в Западном крае, а о том, чтобы нанести личный удар Столыпину.
На следующий день после убийства Столыпина в Киеве усилились антиеврейские настроения: убийца эсер Д. Г. Богров был евреем. Коковцов, взявший управление в свои руки, понял, что необходимо срочно предупредить возможность эксцессов. «Я решил, — вспоминал он позже, — послать всем губернаторам черты оседлости телеграмму, требуя решительных мер к предупреждению погромов… до употребления оружия включительно. Государь горячо поблагодарил за мысль вызвать с маневров три казачьих полка для предотвращения погромов».
В июле 1906 года в царской семье произошел очередной скандал, связанный с предполагаемой женитьбой великого князя Михаила Александровича на Н. С. Шереметевской. Николай II был активно против этого брака. Он просит находящуюся в Гатчине Марию Федоровну воздействовать на Михаила, чтобы тот отказался от своего решения.
«Разумеется, я никогда не дам согласия моего на этот брак… Я чувствую всем моим существом, что дорогой Папа поступил бы так же. Изменить закон для этого случая в такое опасное время я считаю решительно невозможным. Бедный Миша пишет вздор, что так как закон, утвержденный Папа, не прошел через Государственный Совет, поэтому его легко отменить. Это ровно никакой разницы не составляет. Я боюсь, что кто-то помогал Мише писать его письмо, там много казуистики, которая на него не похожа!.. Помоги мне, дорогая Мама, удержать его».
«Просто не знаю, что делать, видя его (Михаила. —
Удерживать великого князя Михаила Александровича от женитьбы удавалось в течение шести лет.
В Вене великий князь Михаил Александрович тайно обвенчался с Натальей Шереметевской. Николай II был вне себя от возмущения и 7 ноября сообщал матери, что Миша дважды нарушил свое слово, а он ему «безгранично верил»… «Ему нет дела, — писал он, — до скандала, который это событие произведет в России».
Согласно законодательным актам об императорской фамилии — «Учреждение» 1886 года и Именной указ Александра III 1893 года — никто из членов императорской семьи не мог вступить в брак с лицом, не принадлежащим владетельному дому без разрешения императора. Вступивший в морганатический брак терял право на наследование престола.