Сумасбродный сэр Джон был осужден в Абердине и быстро казнен, молодой Кеннет получил прощение благодаря своему возрасту, так же как и следующий сын Хантли — Джордж, который был помещен под домашний арест в Данбаре. По словам Бьюкенена, сэр Джон был «красивым мужчиной в расцвете юности, достойный того, чтобы разделить королевскую постель, а не того, чтобы его ввели в обман, предложив ее». Его казнь была страшной и грязной, поскольку палач не справился с делом и потребовалось несколько ударов, чтобы отделить голову от тела. Все это время сэр Джон провозглашал свою любовь к Марии. Поскольку его казнили за измену короне, Мария была обязана присутствовать на казни, но упала в обморок и ее унесли в ее покои. Позднее Марии пришлось присутствовать на не менее страшном суде над уже разлагавшимся телом Хантли, состоявшемся в Эдинбурге 18 мая 1563 года, когда напротив ее трона был поставлен открытый фоб. Мертвого Хантли признали виновным, титул графа Хантли, как и прочие его титулы, официально перешел к лорду Джеймсу как графу Морею. Как ни странно, но результатом поездки католической королевы стало падение самой могущественной католической семьи в Шотландии.
По возвращении в Эдинбург Марию ждали добрые известия из Франции.
Семья Гизов усиливала свои позиции в ходе конфликта, ставшего известным как французские Религиозные войны. 26 октября 1563 года после долгой и тяжелой осады армия Гизов оккупировала Руан. Отряды Елизаветы, поддерживавшие гугенотов, были оттеснены в Гавр. В Холируде Мария отпраздновала победу своей семьи серией балов, ставших прелюдией к великолепному рождественскому празднеству. Нокс, возмущенный тем, что смерть протестантов превратили в торжество, отметил: «Пляски здесь становятся жарче».
Марии следовало бы понять, что в протестантской стране празднование победы ее родственников-католиков над гугенотами станет крайне провокационным. И Нокс немедленно начал атаку на нее страстной проповедью в церкви Сент-Джайлс. В середине декабря он проповедовал на текст «Внемлите, цари, и постигайте, вы, кто судит на земле», сосредоточившись на том, что Мария «танцевала ночи напролет». Эту проповедь слышали некоторые придворные и тотчас же доложили об этом королеве. Она могла бы проигнорировать этот всплеск негодования, но решила прихлопнуть муху, и за Ноксом было послано.
Беседа была скорее формальной, на ней присутствовали Летингтон, Морей и Мортон. Мария начала с длинной, заранее подготовленной речи, обвиняя Нокса в попытке подорвать ее престиж в глазах людей. Нокс просто — и конечно же весьма многословно — ответил, что королеву неверно информировали, ведь он осуждает танцы, только когда удовольствие от них у танцоров превосходит долг — то есть христианскую веру. Он также осуждал танцы, которыми отмечали «бедствие людей Божьих» — в данном случае гугенотов. Мария отступила, признав, что он может расходиться во мнениях с ее дядями, но если у него были претензии к ней, «он должен был прийти к ней и она бы выслушала его». Нокс ответил, что убежден: ее дяди «враги Господа», а его она может слушать каждый день в церкви. Мария и придворные были изумлены явной грубостью Нокса, и королева легкомысленно ответила: «Вам не всегда предстоит заниматься своими делами», а затем вышла из зала. Когда один из придворных спросил Нокса, не боится ли он вести себя подобным образом, он пожал плечами и ответил: «Почему же меня должно пугать приятное женское лицо?»
