23 мая 1945 года С-13 вернулась в базу.
14 сентября 1945 года вышел приказ Наркома ВМФ СССР №-01979, которым командир Краснознамённой подводной лодки С-13 Краснознамённой бригады подводных лодок Краснознамённого Балтийского флота капитан 3 ранга А.И. Маринеско был отстранен от занимаемой должности, понижен в воинском звании до старшего лейтенанта и зачислен в распоряжение Военного совета КБФ. С 18 октября 1945 года по 20 ноября 1945 года А.И. Маринеско был командиром тральщика Т-34 2-го Дивизиона тральщиков 1-й Краснознамённой Бригады траления Краснознамённого Балтийского флота Таллинского морского оборонительного района. Тральщик Т-34 построен в 1934 году как буксирный пароход на ленинградском заводе «Петрозавод». 15 июля 1939 года призван в Военноморской флот, переоборудован в тральщик и 27 ноября 1939 года вошел в состав Краснознаменного Балтийского флота. Участвовал в Советско-финской войне.
20 ноября 1945 года по приказу наркома ВМФ №-02521 старший лейтенант А.И. Маринеско был уволен в запас.
Трудовой путь после войны в 1946–1949 годах А.И. Маринеско работал старшим помощником капитана на судах Балтийского государственного торгового пароходства, в 1949 году — заместителем директора Ленинградского НИИ переливания крови, в 1949–1951 годах находился в заключении по сфабрикованному делу, откуда 10 октября 1951 года был освобожден досрочно. В 1951–1953 годах работал топографом Онежско-Ладожской экспедиции, с 1953 года руководил группой отдела снабжения на ленинградском заводе «Мезон».
Вскоре А.И. Маринеско заболел и умер 25 ноября 1963 года, был похоронен на Богословском кладбище г. Ленинграда. После смерти А.И. Маринеско его имя изъяли из обращения, о подвиге С-13 было запрещено упоминать. На обращении судостроителей и ветеранов-подводникв к Главкому ВМФ адмиралу С.Г. Горшкову с просьбой присвоить одному из кораблей имя Александра Маринеско адмирал поставил резолюцию:
