Когда войска Франко взяли верх над республиканцами, интернациональные бригады покинули Испанию. Мильке интернировали в Бельгию. Когда в мае 1940 года Германия нанесла удар на Западе, интернированных перевели во Францию. Там он оставался и во время немецкой оккупации. Это самая темная страница в биографии министра госбезопасности. Он рассказывал, что валил лес и некоторое время под чужим именем работал в «организации Тодта», это военно-строительная корпорация, созданная в нацистской Германии для работ оборонного значения.
После разгрома Германии Мильке попал в американский лагерь для военнопленных. Но его быстро отпустили. В июне 1945 года он уже был в Берлине и написал письмо Антону Аккерману — напомнил о себе. Несмотря на молодость, Эрих Мильке уже был человеком с именем. Вальтер Ульбрихт распорядился использовать его на полицейской работе. В 1946-м Мильке стал заместителем начальника управления внутренних дел в советском секторе Берлина.
Шестнадцатого августа 1947 года приказом главы Советской военной администрации в Германии внутри народной полиции образовали так называемый «пятый комиссариат» (К-5). Это было первое ведомство госбезопасности, хотя Союзная контрольная комиссия запретила возрождать политическую полицию. Начальником сделали Вильгельма Цайссера, его заместителем — Мильке. Пятый комиссариат преобразовали в Главное управление защиты народного хозяйства при Министерстве внутренних дел.
А на встрече со Сталиным в декабре 1948 года в Москве Вильгельм Пик и Вальтер Ульбрихт попросили разрешения создать самостоятельные органы государственной безопасности.
Сталин одобрил инициативу. Присутствовавший на беседе Владимир Семенов осторожно заметил:
— Имеются возражения со стороны товарища Абакумова.
Генерал-полковник Виктор Абакумов после войны возглавил Министерство государственной безопасности. Сталин пренебрежительно отмахнулся:
— Не дело Абакумова решать такой вопрос. Можно создать органы госбезопасности в рамках немецкой уголовной полиции.
Поинтересовался у гостей:
— Надежные ли люди подобраны?
Вальтер Ульбрихт заверил вождя:
— Надежные.
Двадцать восьмого декабря 1948 года в постановлении Политбюро ЦК ВКП(б) записали: «Поручить МГБ СССР (т. Абакумову) и Советской военной администрации в Германии (т. Соколовскому) представить в ЦК к 10 января 1949 г. предложения о создании в рамках немецкой уголовной полиции органов государственной безопасности».
Второго апреля 1949 года Абакумов доложил вождю, как в ГДР исполняют его указание: «Во всех уездах, где организуются немецкие органы госбезопасности, также создаются и уездные отделы МГБ. На аппарат Уполномоченного МГБ и оперативные сектора теперь ложится работа по руководству и контролю над немецкими органами безопасности».
Восьмого февраля 1950 года, через четыре месяца после создания ГДР, на заседании Народной палаты министр внутренних дел Карл Штайнхоф предложил создать отдельное ведомство госбезопасности:
— Это необходимо, потому что в последнее время участились случаи нападений на советских солдат, проходящих службу в ГДР. Шпионы, диверсанты и саботажники всё заметнее. Для защиты социалистической родины необходима сильная структура, способная бороться не только с внутренним врагом, но и с происками империалистических спецслужб.
Народная палата приняла закон о преобразовании Главного управления по защите народного хозяйства в Министерство государственной безопасности. 24 февраля свою подпись поставил президент Вильгельм Пик. Вильгельм Цайссер стал министром. Эрих Мильке — его заместителем, в том же 1950 году его ввели в состав ЦК партии.
Поначалу Мильке сам вел допросы. Следственный изолятор МГБ разместили в берлинском районе Хоэншёнхаузен. Узников доставляли в фургонах с надписью «Хлеб», «Молоко» или «Живая рыба».
Межзональную границу давно закрыли, и людей, как правило, сажали за попытку бежать в Западную Германию. Методы были те же, что и в НКВД: заключенных избивали, лишали сна, держали в крохотных камерах без окон. В следственной тюрьме половина камер была без света. Узники сидели там месяцами, годами, теряли чувство времени. Им сознательно давали мало воды и кормили пересоленной пищей, чтобы они страдали от жажды. В маленьких камерах держали по шесть-семь человек. Бывшие заключенные рассказывали, что ночью, когда одному нужно было повернуться на другой бок, поворачиваться приходилось всем вместе.
Допросы проводились ночью, узникам не давали спать. Арестованного приводили в состояние полной беспомощности, пока, как говорил один из бывших заключенных, «тебе не станет совершенно безразличной твоя жизнь и тебе не будет на всё наплевать». Требовали признания. Если арестован, значит, виновен. Люди ломались и сознавались во всём, что от них требовали следователи МГБ.