В 1799 г. Сульт сражался в Швейцарии под началом генерала Массена. Он командовал войсками, располагающимися в Гларисе, занимая своей дивизией левый берег Линта, до истоков, и часть левого берега Цюрихского озера. Против него стояли австрийцы генерала Готце. 25 сентября Массена начал наступление против русских войск Римского-Корсакова, стоявших у Цюриха, и в ходе двухдневного ожесточенного сражения разгромил их. В тот же день, когда Массена начал боевые действия против русских, Сульт переправился через Линт, наведя мост в селении Шеннис, овладел Гринау и атаковал австрийский корпус Готце. В самые первые минуты боя этот генерал был убит. Потеря его в такую минуту была для австрийцев гибельной. Русская бригада, находившаяся в селении Раппершвиль, двинулась на помощь австрийцам, но ее отбросили. Австрийцы были вынуждены отступить обратно через реку Тур. Их преследовали до селения Лихтенштейн, и они оказались отрезанными и отброшенными далеко от поля сражения. Победы Массена у Цюриха и Сульта у Линта стали единственным светлым пятном в целой цепи поражений французских армий в Германии и особенно в Италии в 1799 г.
В преддверии Маренго Сульт выполнял должность начальника штаба войск Массена и стал его правой рукой. Они уважали друг друга. Оба были очень честолюбивы. Оба были патриотами. Но если Массене как стратегу не требовалось чему-нибудь учиться, то его помощник являлся почти новичком. Начало военных действий сложилось неудачно для Массена. Его войска оказались разрезаны, а он сам с частью войск был заперт в Генуе. Австрийская армия блокировала город со стороны суши, а английский флот, находившийся от Генуи на расстоянии пушечного выстрела, с моря.
Сначала осажденный Массена беспокоил австрийцев намного больше, нежели последние беспокоили французов. Последние делали периодические вылазки, в результате которых захватывали в плен австрийских солдат. Душой каждой вылазки осажденного гарнизона был Сульт, который своим спокойствием и неустрашимостью внушал уверенность солдатам.
Однако положение осажденного гарнизона с каждым днем становилось все хуже. И это касалось не столько военной стороны вопроса, а скорее продовольственной. Самым страшным противником, с которым пришлось иметь дело солдатам Массена и Сульта, были не австрийцы и даже не восставшее против них местное население, а голод – безжалостный и непобедимый. Все, что мало-мальски было пригодно для еды, шло в ход. Солдаты так ослабли, что караульным разрешалось сидеть на своем посту, а не стоять, как было положено по уставу.
В одной из вылазок возглавлявший атаку Сульт был ранен пулей в колено, и сопровождавшие его солдаты пытались доставить генерала в город на носилках из ружейных стволов. Однако австрийцы наседали, и быстрое передвижение причиняло раненому мучительную боль. Его пришлось оставить на поле боя вместе с братом и адъютантом. Все трое были взяты в плен и с триумфом доставлены в австрийский лагерь. Вплоть до сражения у Маренго Николя Жан находился в плену, из которого был отпущен после обмена пленными.
